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万見
- PDB-2lnt: Solution structure of E60A mutant AGR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lnt
タイトルSolution structure of E60A mutant AGR2
要素Anterior gradient protein 2 homolog
キーワードCELL ADHESION / Thioredoxin-fold / cancer / adhesion / metastasis
機能・相同性
機能・相同性情報


lung goblet cell differentiation / positive regulation of PERK-mediated unfolded protein response / mucus secretion / dystroglycan binding / positive regulation of developmental growth / positive regulation of cell-substrate adhesion / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / digestive tract morphogenesis / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response ...lung goblet cell differentiation / positive regulation of PERK-mediated unfolded protein response / mucus secretion / dystroglycan binding / positive regulation of developmental growth / positive regulation of cell-substrate adhesion / epidermal growth factor receptor binding / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / digestive tract morphogenesis / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of protein localization to plasma membrane / inflammatory response / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Thioredoxin-like / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Anterior gradient protein 2 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, 精密化
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Patel, P. / Clarke, C.J. / Barraclough, D.L. / Rudland, P.S. / Barraclough, R. / Lian, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Metastasis-promoting anterior gradient 2 protein has a dimeric thioredoxin fold structure and a role in cell adhesion.
著者: Patel, P. / Clarke, C. / Barraclough, D.L. / Jowitt, T.A. / Rudland, P.S. / Barraclough, R. / Lian, L.Y.
履歴
登録2012年1月4日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月30日Group: Database references
改定 1.22013年3月6日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anterior gradient protein 2 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1311
ポリマ－16,1311
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Anterior gradient protein 2 homolog / AG-2 / hAG-2 / HPC8 / Secreted cement gland protein XAG-2 homolog


分子量: 16130.548 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 41-175 / 変異: E60A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGR2, AG2, UNQ515/PRO1030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95994

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HNCO
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-15N NOESY
11013D HN(CA)CO
1112IPAP
11213D HBHA(CO)NH
11313D HBHANH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM [U-13C; U-15N] AGR2 E60A, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.3 mM [U-15N] AGR2 E60A, 10 mg Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMAGR2 E60A-1[U-13C; U-15N]1
0.3 mMAGR2 E60A-2[U-15N]2
10 mg/mLPf1 phage-32
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
AnalysisCCPNpeak picking
AnalysisCCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
CNSSOLVEBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, 精密化 / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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