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万見
- PDB-2lnm: Solution structure of the C-terminal NP-repeat domain of Tic40, a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lnm
タイトルSolution structure of the C-terminal NP-repeat domain of Tic40, a co-chaperone during protein import into chloroplasts
要素Protein TIC 40, chloroplastic
キーワードPROTEIN TRANSPORT / translocon (トランスロコン) / import / chloroplast (葉緑体) / Tic40-NP
機能・相同性
機能・相同性情報


Tic complex / protein import into chloroplast stroma / chloroplast inner membrane / chloroplast organization / chloroplast envelope / 色素体 / chloroplast thylakoid membrane / 葉緑体 / membrane => GO:0016020
類似検索 - 分子機能
434 Repressor (Amino-terminal Domain) - #100 / STI1/HOP, DP domain / STI1/HOP, DP domain / Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TIC 40, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Chen, C. / Kao, Y.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2012
タイトル: Solution structure of the C-terminal NP-repeat domain of Tic40, a co-chaperone during protein import into chloroplasts.
著者: Kao, Y.F. / Lou, Y.C. / Yeh, Y.H. / Hsiao, C.D. / Chen, C.
履歴
登録2012年1月1日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TIC 40, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0561
ポリマ－7,0561
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Protein TIC 40, chloroplastic / Protein PIGMENT DEFECTIVE EMBRYO 120 / Translocon at the inner envelope membrane of chloroplasts 40 / AtTIC40


分子量: 7056.141 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 386-447 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
解説: NdeI, XhoI / 遺伝子: TIC40, PDE120, At5g16620, MTG13.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9FMD5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D HN(CA)CO
1713D HNCA
1813D HN(CO)CA
1913D (H)CCH-TOCSY
11013D CC(CO)NH
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-15N TOCSY
11313D 1H-13C NOESY
11412D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 20 mM potassium phosphate-1, 20 mM sodium citrate-2, 100 mM sodium chloride-3, 10 % [U-99% 2H] TFE-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMpotassium phosphate-11
20 mMsodium citrate-21
100 mMsodium chloride-31
10 %TFE-4[U-99% 2H]1
試料状態イオン強度: 140 / pH: 5.56 / 圧: ambient / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
NMRView5Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
X-PLOR NIH精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 839 / NOE intraresidue total count: 158 / NOE long range total count: 85 / NOE medium range total count: 309 / NOE sequential total count: 257
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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