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- PDB-2lnl: Structure of human CXCR1 in phospholipid bilayers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lnl
タイトルStructure of human CXCR1 in phospholipid bilayers
要素C-X-C chemokine receptor type 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein coupled receptor / GPCR / chemokine / membrane protein / transmembrane / 7TM / phospholipid / signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / neutrophil chemotaxis / secretory granule membrane / calcium-mediated signaling ...interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / chemokine receptor activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / neutrophil chemotaxis / secretory granule membrane / calcium-mediated signaling / G protein-coupled receptor activity / receptor internalization / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / Neutrophil degranulation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 1 / CXC chemokine receptor 1/2 / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...CXC chemokine receptor 1 / CXC chemokine receptor 1/2 / : / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C chemokine receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法個体NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Park, S. / Das, B.B. / Casagrande, F. / Nothnagel, H. / Chu, M. / Kiefer, H. / Maier, K. / De Angelis, A. / Marassi, F.M. / Opella, S.J.
引用ジャーナル: Nature / : 2012
タイトル: Structure of the chemokine receptor CXCR1 in phospholipid bilayers.
著者: Park, S.H. / Das, B.B. / Casagrande, F. / Tian, Y. / Nothnagel, H.J. / Chu, M. / Kiefer, H. / Maier, K. / De Angelis, A.A. / Marassi, F.M. / Opella, S.J.
履歴
登録2011年12月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月5日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Structure summary
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C chemokine receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1611
ポリマ-35,1611
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-X-C chemokine receptor type 1 / CXC-R1 / CXCR-1 / CDw128a / High affinity interleukin-8 receptor A / IL-8R A / IL-8 receptor type 1


分子量: 35161.004 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-328 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CMKAR1, CXCR1, IL8RA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25024
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NCACX
121SLF
131PDSD

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試料調製

詳細内容: 2-4 mg [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR1, 100% H2O / 溶媒系: 100% H2O
試料単位: mg/mL / 構成要素: CXCR1-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N] / Conc. range: 2-4
試料状態イオン強度: 20 / pH: 7 / : ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software名称: X-PLOR NIH / 開発者: Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore / 分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE ANI COORDINATES HAVE BEEN INCLUDED IN THE RESTRAINT FILE. THE ANI Z AXIS SPECIFIES THE DIRECTION OF THE NORMAL TO THE PLANE OF THE LIPID BILAYER MEMBRANE.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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