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万見
- PDB-2lmz: Solution NMR structure of the novel conotoxin im23a from Conus im... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lmz
タイトルSolution NMR structure of the novel conotoxin im23a from Conus imperialis
要素Conotoxin im17a
キーワードTOXIN / conotoxin / novel / helix / hairpin / Conus imperialis
機能・相同性Arc Repressor Mutant, subunit A - #2920 / toxin activity / Arc Repressor Mutant, subunit A / extracellular region / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Conotoxin im23a
機能・相同性情報
生物種Conus imperialis (ミカドミナシ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 19
データ登録者Khoo, K.K. / Galea, C.A. / Boonyalai, N. / Norton, R.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: A helical conotoxin from Conus imperialis has a novel cysteine framework and defines a new superfamily.
著者: Ye, M. / Khoo, K.K. / Xu, S. / Zhou, M. / Boonyalai, N. / Perugini, M.A. / Shao, X. / Chi, C. / Galea, C.A. / Wang, C. / Norton, R.S.
履歴
登録2011年12月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_nmr_software ...citation / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conotoxin im17a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8351
ポリマ－4,8351
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3350 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Conotoxin im17a


分子量: 4834.575 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Conus imperialis (ミカドミナシ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0PX84
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H TOCSY
1412D DQF-COSY
1512D 1H-1H NOESY
1613D 1H-15N NOESY
1722D 1H-1H TOCSY
1822D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1128 uM [U-15N] Conotoxin-1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2128 uM Conotoxin-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
128 uMConotoxin-1[U-15N]1
128 uMConotoxin-22
試料状態pH: 5.6 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospinデータ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.解析
XEASYBartels et al.peak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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