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万見
- PDB-2lme: Solid-state NMR structure of the membrane anchor domain of the tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lme
タイトルSolid-state NMR structure of the membrane anchor domain of the trimeric autotransporter YadA
要素Adhesin yadA
キーワードCELL ADHESION / TRIMERIC AUTOTRANSPORTER / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / collagen binding / cell outer membrane / membrane => GO:0016020 / cell adhesion / cell surface
類似検索 - 分子機能
Outer membrane adhesion, Yersinia / GSPII I/J protein-like / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal ...Outer membrane adhesion, Yersinia / GSPII I/J protein-like / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, head domain / YadA head domain repeat (2 copies) / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, stalk domain / Coiled stalk of trimeric autotransporter adhesin / Trimeric autotransporter adhesin YadA-like, C-terminal membrane anchor domain / YadA-like membrane anchor domain / Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2 / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica (腸炎エルシニア)
手法個体NMR / molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 7
データ登録者Shahid, S.A. / Bardiaux, B. / Franks, W.T. / Habeck, M. / Linke, D. / van Rossum, B.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2012
タイトル: Membrane-protein structure determination by solid-state NMR spectroscopy of microcrystals.
著者: Shahid, S.A. / Bardiaux, B. / Franks, W.T. / Krabben, L. / Habeck, M. / van Rossum, B.J. / Linke, D.
履歴
登録2011年11月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月26日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adhesin yadA
B: Adhesin yadA
C: Adhesin yadA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8653
ポリマ－33,8653
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400Highest posterior probability
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Adhesin yadA


分子量: 11288.466 Da / 分子数: 3 / 断片: Outer membrane region, residues 333-422 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica (腸炎エルシニア)
株: 8081 / 遺伝子: yadA, YEP0066 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 omp8 / 参照: UniProt: A1JUB7

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 13C-13C DARR 25 ms
1212D 13C-13C DARR 50 ms
1312D 13C-13C DARR 100 ms
1412D 13C-13C DARR-CP- 15 ms
1512D 13C-13C DARR-CP- 40 ms
1612D 13C-13C DARR-CP- 70 ms
1712D 13C-13C PDSD 15 ms
1812D 13C-13C PDSD 100 ms
1912D 1H-13C INEPT
11012D 13C-13C DREAM 1.5 ms
11112D 13C-13C DREAM AB
11212D 13C-13C DREAM BG
11312D 13C-13C Me-only 70 ms
11412D 13C-13C REDOR 1 ms
11512D 15N-13C NCA
11612D 15N-13C NCO
11712D NCACX
11812D NCOCX
11913D NCACX 25 ms
12013D NCOCX 25 ms
12113D NCACX 100 ms
12213D NCACX 200 ms
12313D NCOCX 200 ms
12413D NCACX 500 ms
12513D NCACB 3 ms
12612D 13C-13C DARR
12712D 13C-13C CPPI-DARR-DD
12812D 13C-13C CPPI-DARR
12912D 13C-13C PDSD
13012D 13C-13C PAR
13112D 15N-13C TEDOR
13212D 13C-13C CHHC
13312D 15N-13C NHHC

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試料調製

詳細内容: 11.5 M [U-13C; U-15N] YadA membrane anchor domain
試料濃度: 11.5 M / 構成要素: YadA membrane anchor domain-1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 275 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003
Bruker AvanceBrukerAVANCE8504

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ISDRieping, Habeck and Nilges精密化
ISDRieping, Habeck and Nilges構造決定
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structures were determined using a combination of replica-exchange Monte Carlo and bayesian inference using the Inferential Structure Determination program (ISD)
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: Highest posterior probability
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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