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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lkt | ||||||
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タイトル | Solution structure of N-terminal domain of human TIG3 in 2 M UREA | ||||||
要素 | Retinoic acid receptor responder protein 3 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / TIG3 / human tumor suppressor II family / NlpC/P60 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / : / phospholipase A1 activity / Acyl chain remodelling of PE / N-acyltransferase activity / phospholipase A2 activity ...positive regulation of protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / phosphatidylethanolamine acyl-chain remodeling / N-acylphosphatidylethanolamine metabolic process / phospholipase A1 / phosphatidylserine 1-acylhydrolase activity / : / phospholipase A1 activity / Acyl chain remodelling of PE / N-acyltransferase activity / phospholipase A2 activity / positive regulation of keratinocyte differentiation / phospholipase A2 / acyltransferase activity / phospholipid metabolic process / lipid catabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / negative regulation of cell population proliferation / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Wang, L. / Yu, W. / Xia, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2012 タイトル: (1)H, (13)C, and (15)N resonance assignments of the N-terminal domain of human TIG3 著者: Wang, L. / Yu, W. / Ren, X. / Lin, J. / Jin, C. / Xia, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lkt.cif.gz | 762.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lkt.ent.gz | 640.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lkt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2lkt_validation.pdf.gz | 409.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2lkt_full_validation.pdf.gz | 508.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2lkt_validation.xml.gz | 36.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2lkt_validation.cif.gz | 63.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/2lkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/2lkt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14050.886 Da / 分子数: 1 / 断片: NlpC/P60 structural domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIG3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9UL19, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Solution structure of N-terminal domain of human TIG3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.5 mM [U-13C; U-15N] TIG3N protein-1, 50 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 20 mM DTT-4, 2 M urea-5, 95 % H2O-6, 5 % [U-2H] D2O-7, 0.01 % DSS-8, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 308 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: using AMBER ff03 force filed refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 3218 / NOE intraresidue total count: 1144 / NOE long range total count: 454 / NOE medium range total count: 233 / NOE sequential total count: 509 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.099 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.231 Å / 代表コンフォーマー: 1 |