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万見
- PDB-2lk1: Solution structure and binding studies of the RanBP2-type zinc fi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lk1
タイトルSolution structure and binding studies of the RanBP2-type zinc finger of RBM5
要素RNA-binding protein 5
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Zinc finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / RNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle ...regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / spliceosomal complex assembly / RNA processing / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / mRNA binding / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others ...RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 1 / RNA-binding protein 5, RNA recognition motif 2 / OCRE domain / OCRE domain / G-patch domain / G-patch domain profile. / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Zinc finger domain / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracene-2-sulfonic acid / RNA-binding protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, Energy minimization
Model detailsclosest to the average, model 5
データ登録者Farina, B. / Pellecchia, M.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2011
タイトル: Targeting Zinc Finger Domains with Small Molecules: Solution Structure and Binding Studies of the RanBP2-Type Zinc Finger of RBM5.
著者: Farina, B. / Fattorusso, R. / Pellecchia, M.
履歴
登録2011年9月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0883
ポリマ－3,7341
非ポリマー3542
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド RNA-binding protein 5 / Protein G15 / Putative tumor suppressor LUCA15 / RNA-binding motif protein 5 / Renal carcinoma ...Protein G15 / Putative tumor suppressor LUCA15 / RNA-binding motif protein 5 / Renal carcinoma antigen NY-REN-9


分子量: 3734.449 Da / 分子数: 1 / 断片: RanBP2-type zinc finger residues 181-210 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P52756
#2: 化合物 ChemComp-AQN / 9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracene-2-sulfonic acid / 9,10-ジオキソアントラセン-2-スルホン酸


分子量: 288.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8O5S
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D DQF-COSY
1312D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細内容: 100 uM RBM5-ZF1, 150 uM ZINC ION, 500 uM AQN, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
100 uMRBM5-ZF1-11
150 uMZINC ION-21
500 uMAQN-31
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinv2.1Bruker Biospincollection
TopSpinv2.1Bruker Biospinデータ解析
CARAv1.5,v1.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARAv1.5,v1.8Keller and Wuthrichpeak picking
CYANAv2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAv2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
SYBYLTriposenergy minimization
SYBYLTripos精密化
精密化手法: simulated annealing, Energy minimization / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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