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- PDB-2ljh: NMR structure of Double-stranded RNA-specific editase Adar -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ljh
タイトルNMR structure of Double-stranded RNA-specific editase Adar
要素Double-stranded RNA-specific editase Adar
キーワードHYDROLASE / dsRBD / dsRBM / editing
機能・相同性
機能・相同性情報


C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / RNA modification / adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine deaminase activity / male courtship behavior / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / mRNA modification / post-transcriptional regulation of gene expression ...C6 deamination of adenosine / Formation of editosomes by ADAR proteins / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素 / RNA modification / adenosine to inosine editing / tRNA-specific adenosine deaminase activity / male courtship behavior / double-stranded RNA adenosine deaminase activity / mRNA modification / post-transcriptional regulation of gene expression / adult behavior / locomotor rhythm / RNA processing / regulation of membrane potential / adult locomotory behavior / locomotory behavior / regulation of circadian rhythm / mRNA processing / double-stranded RNA binding / response to heat / response to oxidative stress / response to hypoxia / nucleolus / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...Adenosine deaminase/editase / Adenosine-deaminase (editase) domain / Adenosine to inosine editase domain profile. / tRNA-specific and double-stranded RNA adenosine deaminase (RNA-specific editase) / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-stranded RNA-specific editase Adar
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Barraud, P. / Allain, F.H.-T.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2012
タイトル: Solution structure of the N-terminal dsRBD of Drosophila ADAR and interaction studies with RNA.
著者: Barraud, P. / Heale, B.S. / O'Connell, M.A. / Allain, F.H.
履歴
登録2011年9月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年6月20日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double-stranded RNA-specific editase Adar


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5651
ポリマ－12,5651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Double-stranded RNA-specific editase Adar / Adenosine deaminase that act on RNA / Pre-mRNA adenosine deaminase / RNA-editing deaminase 1 / RNA- ...Adenosine deaminase that act on RNA / Pre-mRNA adenosine deaminase / RNA-editing deaminase 1 / RNA-editing enzyme 1 / dADAR / dsRNA adenosine deaminase


分子量: 12564.591 Da / 分子数: 1 / 断片: DRBM 1 domain residues 48-140 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Adar, hypnos-2, CG12598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)codon+RIL
参照: UniProt: Q9NII1, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1423D HNCA
1523D HN(CA)CB
1623D CBCA(CO)NH
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D H(CCO)NH
1913D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY aliphatic
11123D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8-1.2 mM [U-15N] dADAR-dsRBD1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8-1.2 mM [U-13C; U-15N] dADAR-dsRBD1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMdADAR-dsRBD1-1[U-15N]0.8-1.21
mMdADAR-dsRBD1-2[U-13C; U-15N]0.8-1.22
試料状態イオン強度: 25 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS2.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2208 / NOE intraresidue total count: 435 / NOE long range total count: 726 / NOE medium range total count: 484 / NOE sequential total count: 563 / Hydrogen bond constraints total count: 64
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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