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万見
- PDB-2li7: Solution Structure of CssII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2li7
タイトルSolution Structure of CssII
要素Beta-mammal toxin Css2
キーワードTOXIN / CssII / alfa beta scorpion toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-mammal toxin Css2
類似検索 - 構成要素
生物種Centruroides suffusus suffusus (サソリ)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailsno violations, model 1
データ登録者del Rio-Portilla, F. / Saucedo, A.L. / Corzo, G. / Delepierre, M. / Possani, L.D.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2012
タイトル: Solution structure of native and recombinant expressed toxin CssII from the venom of the scorpion Centruroides suffusus suffusus, and their effects on Nav1.5 Sodium channels.
著者: Saucedo, A.L. / Del Rio-Portilla, F. / Picco, C. / Estrada, G. / Prestipino, G. / Possani, L.D. / Delepierre, M. / Corzo, G.
履歴
登録2011年8月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_software / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-mammal toxin Css2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5541
ポリマ－7,5541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20020 structures for lowest energy and no violations
代表モデルモデル #1no violations

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要素

#1: タンパク質 Beta-mammal toxin Css2 / Css II / CssII


分子量: 7553.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Venom / 由来: (天然) Centruroides suffusus suffusus (サソリ) / 株: CssII / 参照: UniProt: P08900
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the CssII, an Cs alfa/beta structure.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111DQFCOSY
121TOCSY
131NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.5 mM H2O, 90% H2O, 10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.5 mM / 構成要素: H2O-1
試料状態pH: 3.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian VXRS / 製造業者: Varian / モデル: VXRS / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichcollection
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollmgeometry optimization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollman精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Amber force field
NMR constraintsNOE constraints total: 828 / NOE intraresidue total count: 411 / NOE long range total count: 252 / NOE medium range total count: 97 / NOE sequential total count: 479
代表構造選択基準: no violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: 20 structures for lowest energy and no violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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