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万見
- PDB-2li5: NMR structure of Atg8-Atg7C30 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2li5
タイトルNMR structure of Atg8-Atg7C30 complex
要素
  • Autophagy-related protein 8
  • Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ATG8 / Autophagy / ubiquitin like
機能・相同性
機能・相同性情報


Cvt vesicle membrane / Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / protein modification by small protein conjugation / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / lipid droplet formation ...Cvt vesicle membrane / Atg12 activating enzyme activity / Atg8 activating enzyme activity / TBC/RABGAPs / Receptor Mediated Mitophagy / protein modification by small protein conjugation / extrinsic component of phagophore assembly site membrane / regulation of membrane invagination / vacuole-isolation membrane contact site / lipid droplet formation / protein targeting to vacuole involved in autophagy / Macroautophagy / cytoplasm to vacuole targeting by the Cvt pathway / nucleophagy / protein localization to phagophore assembly site / autophagy of mitochondrion / piecemeal microautophagy of the nucleus / protein-containing complex localization / phosphatidylethanolamine binding / fungal-type vacuole membrane / phagophore assembly site / cellular response to nitrogen starvation / reticulophagy / autophagosome membrane / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / autophagosome assembly / autophagosome maturation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / regulation of macroautophagy / mitophagy / lipid droplet / Neutrophil degranulation / autophagosome / macroautophagy / protein tag activity / mitochondrial membrane / autophagy / membrane fusion / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family ...Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 1 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme Atg7, N-terminal, subdomain 2 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 N-terminus / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 8 / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Kumeta, H. / Satoo, K. / Noda, N.N. / Fujioka, Y. / Ogura, K. / Nakatogawa, H. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2011
タイトル: Structural basis of Atg8 activation by a homodimeric E1, Atg7.
著者: Noda, N.N. / Satoo, K. / Fujioka, Y. / Kumeta, H. / Ogura, K. / Nakatogawa, H. / Ohsumi, Y. / Inagaki, F.
履歴
登録2011年8月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autophagy-related protein 8
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4462
ポリマ－17,4462
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)19 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Autophagy-related protein 8 / Atg8 / Autophagy-related ubiquitin-like modifier ATG8 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 5


分子量: 13597.699 Da / 分子数: 1 / 変異: K26P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG8, APG8, AUT7, CVT5, YBL078C, YBL0732 / 発現宿主: Aspergillus niger (黒麹菌) / 参照: UniProt: P38182
#2: タンパク質・ペプチド Ubiquitin-like modifier-activating enzyme ATG7 / ATG7C30 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole ...ATG7C30 / ATG12-activating enzyme E1 ATG7 / Autophagy-related protein 7 / Cytoplasm to vacuole targeting protein 2


分子量: 3848.143 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 601-630 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATG7, APG7, CVT2, YHR171W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38862

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY aliphatic
1513D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1612D (HB)CB(CGCD)HD
1712D 1H-13C HSQC aromatic
1813D HNCA
1913D HNCO
11013D 1H-13C NOESY aromatic
11113D CBCA(CO)NH
11222D 1H-15N HSQC
11323D HNCO
11423D HN(CA)CB
11523D HN(CA)CB
11623D 1H-15N NOESY
11723D C(CO)NH
11822D 1H-13C HSQC aliphatic
11923D 1H-13C NOESY aliphatic
12022D 1H-13C HSQC aromatic
12123D (H)CCH-TOCSY aliphatic
12213D (H)CCH-TOCSY aromatic
12323D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Atg8K26P-1, 2.0 mM ATG7C30-2, 20 mM sodium phosphate-3, 150 mM sodium chloride-4, 5 mM DTT-5, 5 mM DSS-6, 0.02 % sodium azide-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ATG7C30-8, 1.25 mM Atg8K26P-9, 20 mM sodium phosphate-10, 150 mM sodium chloride-11, 5 mM DTT-12, 5 mM DSS-13, 0.02 % sodium azide-14, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMAtg8K26P-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2.0 mMATG7C30-21
20 mMsodium phosphate-31
150 mMsodium chloride-41
5 mMDTT-51
5 mMDSS-61
0.02 %sodium azide-71
0.5 mMATG7C30-8[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.25 mMAtg8K26P-92
20 mMsodium phosphate-102
150 mMsodium chloride-112
5 mMDTT-122
5 mMDSS-132
0.02 %sodium azide-142
試料状態イオン強度: 170 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA6003
Varian INOVAVarianINOVA5004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR6.1CVariancollection
NMRPipe5.2Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardpeak picking
Sparky3.113Goddard精密化
TALOS+1.01Chen, Cornilescu, Delaglio, Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 19 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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