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万見
- PDB-2lhb: REFINEMENT OF A MOLECULAR MODEL FOR LAMPREY HEMOGLOBIN FROM PETRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lhb
タイトルREFINEMENT OF A MOLECULAR MODEL FOR LAMPREY HEMOGLOBIN FROM PETROMYZON MARINUS
要素HEMOGLOBIN V (CYANO MET)
キーワードOXYGEN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Globin, lamprey/hagfish type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Globin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Honzatko, R.B. / Hendrickson, W.A. / Love, W.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Refinement of a molecular model for lamprey hemoglobin from Petromyzon marinus.
著者: Honzatko, R.B. / Hendrickson, W.A. / Love, W.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1973
タイトル: Crystal Structure Analysis of Sea Lamprey Hemoglobin at 2 Angstroms Resolution
著者: Hendrickson, W.A. / Love, W.E. / Karle, J.
#2: ジャーナル: Nature New Biol. / 年: 1971
タイトル: Structure of Lamprey Haemoglobin
著者: Hendrickson, W.A. / Love, W.E.
履歴
登録1985年8月16日処理サイト: BNL
置き換え1986年1月21日ID: 1LHB
改定 1.01986年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HEMOGLOBIN V (CYANO MET)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9343
ポリマ－16,2921
非ポリマー6432
水3,873215
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.570, 96.620, 31.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: SEE REMARK 5. / 2: SEE REMARK 7.

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要素

#1: タンパク質 HEMOGLOBIN V (CYANO MET)


分子量: 16291.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Petromyzon marinus (ヤツメウナギ)
参照: UniProt: P02208
#2: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE TWO CHANGES IN THE SEQUENCE IN THIS ENTRY FROM THAT DETERMINED CHEMICALLY (S.L.LI, A. ...THERE ARE TWO CHANGES IN THE SEQUENCE IN THIS ENTRY FROM THAT DETERMINED CHEMICALLY (S.L.LI, A.RIGGS, J.BIOL.CHEM., V. 245, P. 6149 (1970)). LEU 98 AND ARG 99 WERE INSERTED AFTER LYS 97, WHILE MET 138 AND SER 139 HAVE REPLACED AN ARG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.59 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
130-35 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropNaCN
32.1 Mpotassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化Rfactor Rwork: 0.142 / 最高解像度: 2 Å
詳細: ELEVEN RESIDUES ARE PRESENTED WITH ALTERNATE CONFORMATIONS BASED ON DENSITY. LYS 18 HAS NO DENSITY BEYOND CB AND LYS 54 HAS NO DENSITY BEYOND CG. THE SIDE CHAINS OF THESE TWO RESIDUES WERE ...詳細: ELEVEN RESIDUES ARE PRESENTED WITH ALTERNATE CONFORMATIONS BASED ON DENSITY. LYS 18 HAS NO DENSITY BEYOND CB AND LYS 54 HAS NO DENSITY BEYOND CG. THE SIDE CHAINS OF THESE TWO RESIDUES WERE MODELED USING REASONABLE STEREOCHEMICAL CRITERIA AND ARE PRESENTED WITH ALTERNATE CONFORMATIONS. SEE THE JRNL REFERENCE ABOVE FOR FURTHER DETAILS. IN ALL OF THESE RESIDUES HYDROGEN ATOMS ARE INCLUDED FOR ONE CONFORMATION ONLY. RESIDUE 29 HAS AN EQUAL MIX OF THR AND ASP ACCORDING TO SEQUENCE WORK. THIS RESIDUE IS PRESENTED BELOW WITH CONFORMATION A REPRESENTING THR AND CONFORMATION B REPRESENTING ASP. PLEASE NOTE, HOWEVER, THAT BOTH CONFORMATIONS HAVE BEEN ASSIGNED RESIDUE NAME THR ON THE ATOM AND SEQRES RECORDS BELOW.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1152 0 45 215 1412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 7979 / 最高解像度: 2 Å / Rfactor obs: 0.142
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d1.5
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d0.048
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.012
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.15
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it1.211.5
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it2.1272
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it1.9032
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it3.3283

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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