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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lgo | ||||||
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タイトル | Solution NMR structure of a FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase from Giardia lamblia, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target GilaA.00840.a | ||||||
要素 | FKBP | ||||||
キーワード | ISOMERASE / infectious disease / giardiasis / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | closest to the average, model 1 | ||||||
データ登録者 | Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2013 タイトル: Solution structure of a putative FKBP-type peptidyl-propyl cis-trans isomerase from Giardia lamblia. 著者: Buchko, G.W. / Hewitt, S.N. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lgo.cif.gz | 897.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lgo.ent.gz | 771.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lgo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/2lgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/2lgo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14160.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) 株: ATCC 50803 / 遺伝子: GL50803_10450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8I6M8 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.12 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 293 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION ...詳細: STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 0% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS and the VDW limit to the lower restraint. PARAM19 was used for the water refinement calculations. | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | Hydrogen bond constraints total count: 76 / Protein phi angle constraints total count: 75 / Protein psi angle constraints total count: 75 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |