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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lgd | ||||||
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タイトル | The high resolution structure of ubiquitin like domain of UBLCP1 | ||||||
要素 | Ubiquitin-like domain-containing CTD phosphatase 1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / UBIQUITIN LIKE DOMAIN / UBLCP1 / RNA POLYMERASE II | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of proteasome assembly / proteasome regulatory particle binding / negative regulation of ATP-dependent activity / myosin phosphatase activity / protein serine/threonine phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | minimized average structure, model 1 | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Lee, W. / Ko, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: The High Resolution Structure of Ubiquitin Like Dom Ublcp1 著者: Lee, N. / Ko, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lgd.cif.gz | 505.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lgd.ent.gz | 426.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lgd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2lgd_validation.pdf.gz | 463.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2lgd_full_validation.pdf.gz | 784.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2lgd_validation.xml.gz | 51.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2lgd_validation.cif.gz | 69.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/2lgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lg/2lgd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9141.800 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN (UNP RESIDUES 1-81) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBLCP1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: Q8WVY7, protein-serine/threonine phosphatase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 |
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 100 / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: BRUKER DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 900 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1 |