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万見
- PDB-2lfk: NMR solution structure of native TdPI-short -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lfk
タイトルNMR solution structure of native TdPI-short
要素Tryptase inhibitor
キーワードHYDROLASE INHIBITOR
機能・相同性Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Few Secondary Structures / Irregular / Tryptase inhibitor
機能・相同性情報
生物種Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
手法溶液NMR / molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Bronsoms, S. / Pantoja-Uceda, D. / Gabrijelcic-Geiger, D. / Sanglas, L. / Aviles, F. / Santoro, J. / Sommerhoff, C. / Arolas, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Oxidative folding and structural analyses of a kunitz-related inhibitor and its disulfide intermediates: functional implications.
著者: Bronsoms, S. / Pantoja-Uceda, D. / Gabrijelcic-Geiger, D. / Sanglas, L. / Aviles, F.X. / Santoro, J. / Sommerhoff, C.P. / Arolas, J.L.
履歴
登録2011年7月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月28日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.42024年10月16日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptase inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3371
ポリマ－6,3371
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Tryptase inhibitor


分子量: 6337.299 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 42-96 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhipicephalus appendiculatus (ダニ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1EG59
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H COSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM TdPI-short, 90% H2O/10% D2O 0.1% TFA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O 0.1% TFA
試料濃度: 1.0 mM / 構成要素: TdPI-short-1
試料状態pH: 2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber9Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
NMRView5.0.20Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.0.20Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.0.20Johnson, One Moon Scientificpeak picking
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 711 / NOE intraresidue total count: 403 / NOE long range total count: 12 / NOE medium range total count: 189 / NOE sequential total count: 119
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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