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万見
- PDB-2lev: Structure of the DNA complex of the C-Terminal domain of Ler -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lev
タイトルStructure of the DNA complex of the C-Terminal domain of Ler
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
  • Ler
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR/DNA / TRANSCRIPTION REGULATOR-DNA complex / Arginine-minor-groove Recognition / Horizontal gene Transfer / Indirect Readout / Nucleoid associated Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS DNA Binding Protein / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain superfamily / Histone-like protein H-NS / Histone-like protein H-NS, C-terminal domain / H-NS histone C-terminal domain / Domain in histone-like proteins of HNS family / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Ler / Transcription regulator Ler
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / 溶液散乱 / torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cordeiro, T.N. / Schimdt, H. / Madrid, C. / Juarez, A. / Bernado, P. / Grisienger, C. / Garcia, J. / Pons, M.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Indirect DNA Readout by an H-NS Related Protein: Structure of the DNA Complex of the C-Terminal Domain of Ler.
著者: Cordeiro, T.N. / Schmidt, H. / Madrid, C. / Juarez, A. / Bernado, P. / Griesinger, C. / Garcia, J. / Pons, M.
履歴
登録2011年6月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ler
B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8803
ポリマ－15,8803
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ler


分子量: 6703.369 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 56-102 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ler / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9N650, UniProt: Q7DB51*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*GP*AP*TP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4673.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*C)-3')


分子量: 4503.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
溶液散乱
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC aliphatic
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D H(CCO)NH
1623D (H)CCH-TOCSY
1713D HNHA
1813D 1H-15N TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY aliphatic
11123D 1H-13C NOESY aliphatic
11222D 1H-1H (13C-ed) NOESY
11312D 1H-1H NOESY
11422D 1H-1H (13C-fil) NOESY
11512D 1H-1H (15N/13C-fil) NOESY
11613D 15N/13C-fil/13c-ed- NOESY
11722D 1H-1H (13C-fil) TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CT-Ler, 2 mM LeeH A, 2 mM LeeH B, 20 mM sodium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.01 %(w/v) sodium azide, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CT-Ler, 2 mM LeeH A, 2 mM LeeH B, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.01 %(w/v) sodium azide, 0.2 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] CT-Ler, 2 mM LeeH A, 2 mM LeeH B, 20 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.01 % (w/v) sodium azide, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMCT-Ler-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
2 mMLeeH_A-21
2 mMLeeH_B-31
20 mMsodium phosphate-41
20 mMsodium chloride-51
0.01 %sodium azide-61
0.2 mMEDTA-71
1 mMCT-Ler-8[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 mMLeeH_A-92
2 mMLeeH_B-102
20 mMsodium phosphate-112
150 mMsodium chloride-122
0.01 %sodium azide-132
0.2 mMEDTA-142
1 mMCT-Ler-15[U-10% 13C; U-100% 15N]3
2 mMLeeH_A-163
2 mMLeeH_B-173
20 mMsodium phosphate-183
150 mMsodium chloride-193
0.01 %sodium azide-203
0.2 mMEDTA-213
試料状態イオン強度: 150 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004
Soln scatterタイプ: x-ray
Buffer name: 20mM sodium phosphate, 150mM NaCl, 0.2mM EDTA, 0.01%NaN3
Conc. range: 3.6 - 7.3 / Data reduction software list: PRIMUS, GNOM, CRYSOL / 検出器タイプ: 2D PHOTON COUNTING PILATUS 1M PIXEL / Mean guiner radius: 1.82 nm / Mean guiner radius esd: 0.01 nm / Num. of time frames: 4 / Protein length: 5.3 / Sample pH: 5.7 / Source beamline: X33 / Source class: N / Source type: DESY-EMBL HAMBURG OUTSTATION / 温度: 298 K

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Zhengrong and Bax解析
TopSpinBruker Biospinnmr spectra acquisition
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readenergy water refinement
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxprediction of protein phi and psi angles using a chemical shift database
CRYSOLSvergun D.I., Barberato C. and Koch M.H.J.fitting to experimental scattering curves
HADDOCKAlexandre Bonvindata-driven docking using cns as structure calculation engine
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollmmolecular dynamics refinement
ProcheckLaskowski and MacArthurquality assessment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
HADDOCKAlexandre Bonvin精密化
CRYSOLSvergun D.I., Barberato C. and Koch M.H.J.精密化
ProcheckLaskowski and MacArthur精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: Protein structure calculation was performed with CYANA 2.1, The 20 lowest-energy CT-Ler conformers were further energy-refined in explicit solvent using using CNS, DNA (LeeH) was defined as B- ...詳細: Protein structure calculation was performed with CYANA 2.1, The 20 lowest-energy CT-Ler conformers were further energy-refined in explicit solvent using using CNS, DNA (LeeH) was defined as B-DNA followed by MD water refinement, including NMR restraints. The 20 lowest-energy protein structures were selected and docked onto LeeH using intermolecular NOEs and AIRs, Final scoring against experimental NMR and SAXS data. Packing, Ramachandran apprearance. Refinement against Small-Angle X-ray Scattering (SAXS) data, Quality assessment.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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