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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ler | ||||||
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タイトル | Conotoxin pc16a | ||||||
![]() | Conotoxin pc16a | ||||||
![]() | TOXIN | ||||||
機能・相同性 | toxin activity / extracellular region / Conotoxin pc16a![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
Model details | closest to the average, model 5 | ||||||
![]() | Dyubankova, N. / Lescrinier, E. / Van Der Haegen, A. / Peigneur, S. / Tytgat, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Pc16a, the first characterized peptide from Conus pictus venom, shows a novel disulfide connectivity. 著者: Van Der Haegen, A. / Peigneur, S. / Dyubankova, N. / Moller, C. / Mari, F. / Diego-Garcia, E. / Naude, R. / Lescrinier, E. / Herdewijn, P. / Tytgat, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 56.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 43.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1265.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: venom / 由来: (合成) ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 5 mg conotoxin pc16a, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 5 mg/mL / 構成要素: conotoxin pc16a-1 |
試料状態 | pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 283 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 123 / NOE intraresidue total count: 103 / NOE long range total count: 3 / NOE medium range total count: 3 / NOE sequential total count: 14 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |