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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2lee | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Unique structural features of interconverting monomeric and dimeric G-quadruplexes adopted by a sequence from intron of N-myc gene | ||||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / G-quadruplex / monomer-dimer equilibrium / N-myc / intron | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | Model details | lowest energy, model 1 | データ登録者 | Trajkovski, M. / Plavec, J. / Webba da Silva, M. | 引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012 | タイトル: Unique Structural Features of Interconverting Monomeric and Dimeric G-Quadruplexes Adopted by a Sequence from the Intron of the N-myc Gene. 著者: Trajkovski, M. / Webba da Silva, M. / Plavec, J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2lee.cif.gz | 126.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2lee.ent.gz | 103.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2lee.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2lee_validation.pdf.gz | 385.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2lee_full_validation.pdf.gz | 444.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2lee_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2lee_validation.cif.gz | 11.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/2lee ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/2lee | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 6064.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 0.4-6.6 mM DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*A)-3'), 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 単位: mM 構成要素: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*GP*AP*A)-3')-1 Conc. range: 0.4-6.6 |
試料状態 | イオン強度: 120 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298.15 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |