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- PDB-2ld7: Solution structure of the mSin3A PAH3-SAP30 SID complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ld7
タイトルSolution structure of the mSin3A PAH3-SAP30 SID complex
要素
  • Histone deacetylase complex subunit SAP30
  • Paired amphipathic helix protein Sin3a
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to tert-butyl hydroperoxide / Regulation of MECP2 expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / response to methylglyoxal / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of hormone levels / HDACs deacetylate histones / cerebral cortex neuron differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function ...cellular response to tert-butyl hydroperoxide / Regulation of MECP2 expression and activity / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / response to methylglyoxal / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / SUMOylation of transcription cofactors / regulation of hormone levels / HDACs deacetylate histones / cerebral cortex neuron differentiation / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / negative regulation of circadian rhythm / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of stem cell population maintenance / cellular response to dopamine / negative regulation of protein localization to nucleus / regulation of axon extension / type I interferon-mediated signaling pathway / Sin3-type complex / positive regulation of stem cell population maintenance / skeletal muscle cell differentiation / hematopoietic progenitor cell differentiation / transcription regulator inhibitor activity / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / activation of innate immune response / negative regulation of cell migration / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to glucose stimulus / kinetochore / transcription corepressor activity / rhythmic process / intracellular protein localization / heterochromatin formation / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / DNA replication / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #20 / Histone deacetylase complex subunit SAP30 zinc-finger / SAP30 zinc-finger / Histone deacetylase complex subunit SAP30/SAP30-like / Histone deacetylase complex subunit SAP30, Sin3 binding domain / SAP30, C-terminal domain superfamily / Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30 / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) ...Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #20 / Histone deacetylase complex subunit SAP30 zinc-finger / SAP30 zinc-finger / Histone deacetylase complex subunit SAP30/SAP30-like / Histone deacetylase complex subunit SAP30, Sin3 binding domain / SAP30, C-terminal domain superfamily / Sin3 binding region of histone deacetylase complex subunit SAP30 / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat) / Histone deacetylase interacting domain / Sin3, C-terminal / Transcriptional regulatory protein Sin3-like / Sin3 family co-repressor / C-terminal domain of Sin3a protein / Histone deacetylase (HDAC) interacting / Paired amphipathic helix / Paired amphipathic helix superfamily / Paired amphipathic helix repeat / PAH domain profile. / Helix non-globular / Special / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone deacetylase complex subunit SAP30 / Paired amphipathic helix protein Sin3a
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Xie, T. / He, Y. / Korkeamaki, H. / Zhang, Y. / Imhoff, R. / Lohi, O. / Radhakrishnan, I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of the 30-kDa Sin3-associated protein (SAP30) in complex with the mammalian Sin3A corepressor and its role in nucleic acid binding.
著者: Xie, T. / He, Y. / Korkeamaki, H. / Zhang, Y. / Imhoff, R. / Lohi, O. / Radhakrishnan, I.
履歴
登録2011年5月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月4日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase complex subunit SAP30
B: Paired amphipathic helix protein Sin3a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2212
ポリマ－19,2212
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase complex subunit SAP30 / 30 kDa Sin3-associated polypeptide / Sin3 corepressor complex subunit SAP30 / Sin3-associated polypeptide p30


分子量: 10546.753 Da / 分子数: 1 / 断片: Interaction with SIN3A region residues 130-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sap30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88574
#2: タンパク質 Paired amphipathic helix protein Sin3a / Histone deacetylase complex subunit Sin3a / Transcriptional corepressor Sin3a


分子量: 8673.931 Da / 分子数: 1 / 断片: PAH 3 domain residues 456-528 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sin3a, Kiaa4126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60520

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1223D 1H-15N NOESY
1333D 1H-13C NOESY aliphatic
1443D 1H-13C NOESY aliphatic
1512D 1H-15N HSQC
1622D 1H-15N HSQC
1713D CBCA(CO)NH
1823D CBCA(CO)NH
1913D HN(CA)CB
11023D HN(CA)CB
11113D HNCO
11223D HNCO
11313D HNCA
11423D HNCA
11533D (H)CCH-COSY
11643D (H)CCH-COSY
11733D (H)CCH-TOCSY
11843D (H)CCH-TOCSY
11932D 1H-13C HSQC aromatic
12042D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 1, 1 mM protein 2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM protein 1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 1, 1 mM protein 2, 100% D2O100% D2O
41 mM protein 1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 2, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
1 mMprotein_2-21
1 mMprotein_1-32
1 mMprotein_2-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1 mMprotein_1-5[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1 mMprotein_2-63
1 mMprotein_1-74
1 mMprotein_2-8[U-100% 13C; U-100% 15N]4
試料状態pH: 6.5 / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
Felix98Accelrys Software Inc.解析
VnmrJVariancollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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