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万見
- PDB-2l1u: Structure-Functional Analysis of Mammalian MsrB2 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l1u
タイトルStructure-Functional Analysis of Mammalian MsrB2 protein
要素Methionine-R-sulfoxide reductase B2, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / MsrB / Methionine Sulfoxide reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein repair / L-methionine (R)-S-oxide reductase / L-methionine-(R)-S-oxide reductase activity / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase / peptide-methionine (R)-S-oxide reductase activity / protein repair / actin filament polymerization / actin binding / response to oxidative stress / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptide methionine sulfoxide reductase MsrB / Peptide methionine sulphoxide reductase MrsB domain / SelR domain / Methionine-R-sulfoxide reductase (MsrB) domain profile. / Mss4-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methionine-R-sulfoxide reductase B2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Aachmann, F.L. / Del Conte, R. / Kwak, G. / Kim, H. / Gladyshev, V.N. / Dikiy, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure-Functional Analysis of Mammalian MsrB2 protein
著者: Aachmann, F.L. / Del Conte, R. / Kwak, G. / Kim, H. / Gladyshev, V.N. / Dikiy, A.
履歴
登録2010年8月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methionine-R-sulfoxide reductase B2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0962
ポリマ－16,0301
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 96target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Methionine-R-sulfoxide reductase B2, mitochondrial / MsrB2


分子量: 16030.203 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 45-175 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Msrb2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q78J03, 酸化還元酵素; 含硫化合物に対し酸化酵素として働く; ジスルフィドが電子受容体
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Structure of den Mouse MsrB2ds
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H NOESY
1233D 1H-15N NOESY
1313D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-1.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] MsrB2ds, 5 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
21-1.6 mM MsrB2ds, 5 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
31-1.6 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] MsrB2ds, 5 mM DTT, 20 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMMsrB2ds-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1-1.61
5 mMDTT-21
20 mMsodium phosphate-31
25 mMsodium chloride-41
mMMsrB2ds-51-1.62
5 mMDTT-62
20 mMsodium phosphate-72
25 mMsodium chloride-82
mMMsrB2ds-9[U-98% 13C; U-98% 15N]1-1.63
5 mMDTT-103
20 mMsodium phosphate-113
25 mMsodium chloride-123
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
XwinNMRBruker Biospincollection
XEASYBartels et al.collection
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.peak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 96 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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