PDB-2lc1: Rv0020c_FHA Structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2lc1

タイトル

Rv0020c_FHA Structure

要素

Putative uncharacterized protein TB39.8

キーワード

PROTEIN BINDING / FhaA / KINASE SUBSTRATE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-based cell wall / mRNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Barthe, P.P. / Cohen-Gonsaud, M.M. / Roumestand, C.C.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structural Insight into the Mycobacterium tuberculosis Rv0020c Protein and Its Interaction with the PknB Kinase
著者: Roumestand, C. / Leiba, J. / Galophe, N. / Margeat, E. / Padilla, A. / Bessin, Y. / Barthe, P. / Molle, V. / Cohen-Gonsaud, M.

履歴

登録	2011年4月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2lc1.cif.gz	1003.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2lc1.ent.gz	857.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2lc1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2lc1_validation.pdf.gz	544.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2lc1_full_validation.pdf.gz	776.5 KB	表示
XML形式データ	2lc1_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	2lc1_validation.cif.gz	84.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/2lc1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/2lc1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2lc0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qjn-4 2vuz-d 6r18-1 2c3v-2 1rax-d 4j6k-3 4hoi-2 4j6l-6 2n3d-d 1hx7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17586

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein TB39.8

10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	30 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein TB39.8 / FhaA 分子量: 10887.962 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 430-527 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37rv / 遺伝子: Rv0020c, TB39.8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P71590

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 1H-15N NOESY
1	2	1	3D 1H-15N TOCSY
1	3	2	3D HNCA
1	4	2	3D CBCA(CO)NH
1	5	2	3D HN(CA)CB
1	6	2	3D HNCO
1	7	2	3D HCACO

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.5 mM [U-15N] Rv0020c_FHA-1, 95% H2O/5% D2O	95% H2O/5% D2O
2	0.5 mM [U-13C; U-15N] Rv0020c_FHA-2, 95% H2O/5% D2O	95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	Rv0020c_FHA-1	[U-15N]	1
0.5 mM	Rv0020c_FHA-2	[U-13C; U-15N]	2

試料状態

イオン強度: 100 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	500	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Gifa	4.44	Delsuc	解析
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CNS	1.2	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化
TALOS+	1.2009.0721.18	Cornilescu, Delaglio and Bax	angle prediction

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Water refinement with RECOORD scripts

NMR constraints

NOE constraints total: 1296 / NOE intraresidue total count: 327 / NOE long range total count: 416 / NOE medium range total count: 137 / NOE sequential total count: 416 / Hydrogen bond constraints total count: 64 / Protein phi angle constraints total count: 76 / Protein psi angle constraints total count: 76

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 30 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)