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万見
- PDB-2lbx: Solution structure of the S. cerevisiae H/ACA RNP protein Nhp2p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lbx
タイトルSolution structure of the S. cerevisiae H/ACA RNP protein Nhp2p
要素H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / L7Ae / snoRNP / scaRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


box H/ACA snoRNP assembly / snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / rRNA pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / rRNA processing / nucleolus
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit NHP2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Koo, B. / Park, C. / Fernandez, C.F. / Chim, N. / Ding, Y. / Chanfreau, G. / Feigon, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structure of H/ACA RNP Protein Nhp2p Reveals Cis/Trans Isomerization of a Conserved Proline at the RNA and Nop10 Binding Interface.
著者: Koo, B.K. / Park, C.J. / Fernandez, C.F. / Chim, N. / Ding, Y. / Chanfreau, G. / Feigon, J.
履歴
登録2011年4月7日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月31日Group: Database references
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2081
ポリマ－13,2081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2 / H/ACA snoRNP protein NHP2 / High mobility group-like nuclear protein 2


分子量: 13207.521 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 36-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NHP2, YDL208W, D1045 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P32495

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HN(CA)CB
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1423D HBHA(CO)NH
1513D (H)CCH-TOCSY
1633D 1H-13C NOESY
1723D 1H-15N NOESY
1822D 1H-15N HSQC
1912D 1H-13C HSQC
11013D C(CO)NH

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
120 mM [U-13C; U-15N] HEPES, 200 mM [U-13C; U-15N] potassium chloride, 1 mM [U-13C; U-15N] DTT, 100% D2O100% D2O
220 mM [U-15N] HEPES, 200 mM [U-15N] potassium chloride, 1 mM [U-15N] DTT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
320 mM [U-13C; U-15N] HEPES, 200 mM [U-13C; U-15N] potassium chloride, 1 mM [U-13C; U-15N] DTT, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMHEPES-1[U-13C; U-15N]1
200 mMpotassium chloride-2[U-13C; U-15N]1
1 mMDTT-3[U-13C; U-15N]1
20 mMHEPES-4[U-15N]2
200 mMpotassium chloride-5[U-15N]2
1 mMDTT-6[U-15N]2
20 mMHEPES-7[U-13C; U-15N]3
200 mMpotassium chloride-8[U-13C; U-15N]3
1 mMDTT-9[U-13C; U-15N]3
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
XwinNMRBruker Biospincollection
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 915 / NOE long range total count: 208 / NOE medium range total count: 140 / NOE sequential total count: 567 / Protein phi angle constraints total count: 89 / Protein psi angle constraints total count: 88
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.74 Å / Distance rms dev error: 0.16 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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