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万見
- PDB-2lbs: Solution structure of double-stranded RNA binding domain of S. ce... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lbs
タイトルSolution structure of double-stranded RNA binding domain of S. cerevisiae RNase III (Rnt1p) in complex with AAGU tetraloop hairpin
要素
  • RNA (32-MER)
  • Ribonuclease 3
キーワードHYDROLASE/RNA / dsRBD / AAGU tetraloop / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


box C/D sno(s)RNA processing / box H/ACA sno(s)RNA processing / regulation of fungal-type cell wall organization / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription ...box C/D sno(s)RNA processing / box H/ACA sno(s)RNA processing / regulation of fungal-type cell wall organization / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / U4 snRNA 3'-end processing / ribonuclease III / ribonuclease III activity / termination of RNA polymerase II transcription / rRNA transcription / rRNA processing / double-stranded RNA binding / chromatin organization / nucleolus / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif ...Ribonuclease III, N-terminal domain / Rnt1/Pac1, double-stranded RNA binding domain, fungi / Ribonuclease III N-terminal domain / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Ribonuclease 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Wang, Z. / Hartman, E. / Roy, K. / Chanfreau, G. / Feigon, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of a Yeast RNase III dsRBD Complex with a Noncanonical RNA Substrate Provides New Insights into Binding Specificity of dsRBDs.
著者: Wang, Z. / Hartman, E. / Roy, K. / Chanfreau, G. / Feigon, J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: Structural basis for recognition of the AGNN tetraloop RNA fold by the double-stranded RNA-binding domain of Rnt1p RNase III
著者: Wu, H. / Henras, A. / Chanfreau, G. / Feigon, J.
履歴
登録2011年4月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (32-MER)
B: Ribonuclease 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1042
ポリマ－20,1042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)16 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (32-MER)


分子量: 10282.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Ribonuclease 3 / Ribonuclease III / RNase III


分子量: 9822.364 Da / 分子数: 1 / Fragment: DRBM domain residues 366-453 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RNT1, YM9408.01C, YM9959.21, YMR239C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q02555, ribonuclease III

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-1H TOCSY
1342D 1H-1H NOESY
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1623D (H)CCH-TOCSY
1723D (H)CCH-COSY
1813D 1H-15N NOESY
1923D 1H-13C NOESY
11032D 1H-1H COSY
11132D FILTERED/EDITED NOESY
11212D 1H-15N HSQC IPAP

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 1-2 mM DNA/RNA hybrid, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 1-2 mM DNA/RNA hybrid, 100% D2O100% D2O
30.8-1 mM protein, 1-2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DNA/RNA hybrid, 100% D2O100% D2O
40.8-1 mM protein, 1-2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DNA/RNA hybrid, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMprotein_1-1[U-100% 13C; U-100% 15N]0.8-11
mMprotein_2-21-21
mMprotein_1-3[U-100% 13C; U-100% 15N]0.8-12
mMprotein_2-41-22
mMprotein_1-50.8-13
mMprotein_2-6[U-100% 13C; U-100% 15N]1-23
mMprotein_1-70.8-14
mMprotein_2-8[U-100% 13C; U-100% 15N]1-24
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.24Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TopSpin2Bruker Biospincollection
XwinNMRBruker Biospincollection
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 3600 / NOE intraresidue total count: 1085 / NOE long range total count: 467 / NOE medium range total count: 415 / NOE sequential total count: 823
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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