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万見
- PDB-2lb7: Hevein-type Antifungal Peptide with a Unique 10-Cysteine Motif -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2lb7
タイトルHevein-type Antifungal Peptide with a Unique 10-Cysteine Motif
要素Antimicrobial peptide 1a
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / catalytic activity / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endochitinase-like / Chitin recognition protein / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antimicrobial peptide 1b
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum kiharae (植物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Balashova, T.A. / Vassilevski, A.A. / Odintsova, T.I. / Grishin, E.V. / Egorov, T.A. / Arseniev, A.S.
引用
ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2011
タイトル: Solution structure of a defense peptide from wheat with a 10-cysteine motif.
著者: Dubovskii, P.V. / Vassilevski, A.A. / Slavokhotova, A.A. / Odintsova, T.I. / Grishin, E.V. / Egorov, T.A. / Arseniev, A.S.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2009
タイトル: A novel antifungal hevein-type peptide from Triticum kiharae seeds with a unique 10-cysteine motif
著者: Odintsova, T.I. / Vassilevski, A.A. / Slavokhotova, A.A. / Musolyamov, A.K. / Finkina, E.I. / Khadeeva, N.V. / Rogozhin, E.A. / Korostyleva, T.V. / Pukhalsky, V.A. / Grishin, E.V. / Egorov, T.A.
履歴
登録2011年3月23日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Database references
改定 1.32011年9月28日Group: Database references
改定 1.42023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antimicrobial peptide 1a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4501
ポリマ－4,4501
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Antimicrobial peptide 1a / WAMP-1a


分子量: 4450.060 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum kiharae (植物) / 株: Dorof. & Migush. / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P85966

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: novel antimicrobial peptide from seeds of Triticum kiharae Dorof. et Migusch
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
2222D DQF-COSY
1312D 1H-1H TOCSY
2422D 1H-1H TOCSY
1512D 1H-1H NOESY
2622D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM protein, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
0.5 mMprotein-11
0.5 mMprotein-22
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance 1 / 製造業者: Bruker / モデル: Avance 1 / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.2BRUKERcollection
TopSpin2.2BRUKER解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.chemical shift calculation
XEASYBartels et al.peak picking
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
MOLMOL2.1-2.6Koradi, Billeter and Wuthrichvisualization
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 202 / Disulfide bond constraints total count: 30 / Hydrogen bond constraints total count: 60 / Protein other angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.12 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 2.35 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.11 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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