+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2la9 | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | NMR structure of Pseudouridine_ASL_Tyr | ||||||||||||||||||||
![]() | RNA (5'-R(*![]() RNA / Tyrosyl-tRNA | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics | Model details | fewest violations, model 1 | ![]() Denmon, A.P. / Wang, J. / Nikonowicz, E.P. | ![]() ![]() タイトル: Conformation Effects of Base Modification on the Anticodon Stem-Loop of Bacillus subtilis tRNA(Tyr). 著者: Denmon, A.P. / Wang, J. / Nikonowicz, E.P. 履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 89.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 73 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 470.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 562.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-
要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5442.300 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
|
-
試料調製
詳細 | 内容: 2.0 mM Pseudouridine_ASL_Tyr, 10 mM potassium chloride, 10 mM potassium phosphate, 0.02 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料 |
| |||||||||||||||
試料状態 | pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz |
---|
-
解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 8 |