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万見
- PDB-2la8: Solution structure of INAD PDZ5 complexed with Kon-tiki peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2la8
タイトルSolution structure of INAD PDZ5 complexed with Kon-tiki peptide
要素Inactivation-no-after-potential D protein,kon-tiki peptide
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CS-GAG biosynthesis / DS-GAG biosynthesis / CS/DS degradation / somatic muscle attachment to chitin-based cuticle / myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / muscle tendon junction / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway ...CS-GAG biosynthesis / DS-GAG biosynthesis / CS/DS degradation / somatic muscle attachment to chitin-based cuticle / myosin III binding / detection of light stimulus involved in sensory perception / inaD signaling complex / Glycosaminoglycan-protein linkage region biosynthesis / muscle tendon junction / negative regulation of opsin-mediated signaling pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rhabdomere / myofibril assembly / cellular response to light stimulus / cell tip / costamere / positive regulation of filopodium assembly / sarcomere organization / muscle organ development / myosin binding / photoreceptor activity / phototransduction / visual perception / sensory perception of sound / Z disc / intracellular protein localization / signaling receptor complex adaptor activity / calmodulin binding
類似検索 - 分子機能
CSPG repeat / : / Cadherin-like / CSPG repeat profile. / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / PDZ domain ...CSPG repeat / : / Cadherin-like / CSPG repeat profile. / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inactivation-no-after-potential D protein / Kon-tiki, isoform B
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Zhang, M. / Wen, W.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2011
タイトル: The INAD scaffold is a dynamic, redox-regulated modulator of signaling in the Drosophila eye
著者: Liu, W. / Wen, W. / Wei, Z. / Yu, J. / Ye, F. / Liu, C.-H. / Hardie, R.C. / Zhang, M.
履歴
登録2011年3月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_nmr_software / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _pdbx_nmr_software.name ..._entity.pdbx_description / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inactivation-no-after-potential D protein,kon-tiki peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5981
ポリマ－11,5981
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Inactivation-no-after-potential D protein,kon-tiki peptide


分子量: 11598.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera of UNP residues 580-665 of INAD, linker, kon-tiki peptide
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: inaD, CG3504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24008, UniProt: Q9VJ82

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1242D 1H-1H NOESY
1342D 1H-1H TOCSY
1423D CBCA(CO)NH
1523D HN(CA)CB
1613D 1H-15N NOESY
1733D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] protein-1, 10 mM DTT-2, 50 mM TRIS-3, 50 mM sodium chloride-4, 1 mM EDTA-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-6, 10 mM DTT-7, 50 mM TRIS-8, 50 mM sodium chloride-9, 1 mM EDTA-10, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein-11, 10 mM [U-100% 2H] DTT-12, 50 mM [U-100% 2H] TRIS-13, 50 mM sodium chloride-14, 1 mM EDTA-15, 100% D2O100% D2O
41 mM protein-16, 10 mM [U-100% 2H] DTT-17, 50 mM [U-100% 2H] TRIS-18, 50 mM sodium chloride-19, 1 mM EDTA-20, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMprotein-1[U-100% 15N]1
10 mMDTT-21
50 mMTRIS-31
50 mMsodium chloride-41
1 mMEDTA-51
1 mMprotein-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMDTT-72
50 mMTRIS-82
50 mMsodium chloride-92
1 mMEDTA-102
1 mMprotein-11[U-100% 13C; U-100% 15N]3
10 mMDTT-12[U-100% 2H]3
50 mMTRIS-13[U-100% 2H]3
50 mMsodium chloride-143
1 mMEDTA-153
1 mMprotein-164
10 mMDTT-17[U-100% 2H]4
50 mMTRIS-18[U-100% 2H]4
50 mMsodium chloride-194
1 mMEDTA-204
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettpeak picking
SparkyGoddardpeak picking
VnmrJVariancollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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