- PDB-2la7: NMR structure of the protein YP_557733.1 from Burkholderia xenovorans -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2la7
タイトル
NMR structure of the protein YP_557733.1 from Burkholderia xenovorans
要素
Uncharacterized protein
キーワード
STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Pilot Secretin MxiM fold / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG
機能・相同性
Domain of unknown function DUF306, Meta/HslJ / HslJ-like superfamily / META domain / Lipocalin - #270 / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / META domain-containing protein
手法: 溶液NMR 詳細: The deposited structure represent the main conformation in solution. An additional conformation involving residues 1-17 was observed by NMR (peak doubling). The ratio between the two conformations is 95:5.
NMR実験
Conditions-ID
Experiment-ID
Solution-ID
タイプ
1
1
1
2D 1H-15N HSQC
1
2
1
2D 1H-13C HSQC
1
3
1
3D 1H-15N NOESY
1
4
1
3D 1H-13C NOESY aliphatic
1
5
1
3D 1H-13C NOESY aromatic
1
6
1
5D APSY-(HA)CA(CO)NH
1
7
1
4D APSY-HACANH
1
8
1
5D APSY-CBCA(CO)NH
-
試料調製
詳細
内容: 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 4.5 mM sodium azide, 95% H2O/5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
1mM
protein-1
[U-98% 13C; U-98% 15N]
1
50mM
sodium chloride-2
1
20mM
sodium phosphate-3
1
4.5mM
sodium azide-4
1
試料状態
イオン強度: 0.225 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
1
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
800
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
CYANA
3
Guntert, MumenthalerandWuthrich
構造決定
UNIO
UnioHerrmannWuthrich
chemicalshiftassignment
UNIO
UnioHerrmannWuthrich
構造決定
UNIO
UnioHerrmannWuthrich
解析
TopSpin
BrukerBiospin
collection
TopSpin
BrukerBiospin
解析
TopSpin
BrukerBiospin
データ解析
CARA
KellerandWuthrich
chemicalshiftassignment
CARA
KellerandWuthrich
データ解析
OPAL
Luginbuhl, Guntert, BilleterandWuthrich
精密化
精密化
手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造
選択基準: closest to the average
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20