PDB-2la1: Expression in Pichia pastoris and backbone dynamics of dendroaspi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2la1

タイトル

Expression in Pichia pastoris and backbone dynamics of dendroaspin, a three finger toxin

要素

Mambin

キーワード

TOXIN / dendroaspin / disintegrin / integrin / three-finger fold / snake toxin

機能・相同性

CD59 / CD59 / Snake toxin-like superfamily / Ribbon / toxin activity / extracellular region / Mainly Beta / Dendroaspin

機能・相同性情報

生物種

Dendroaspis jamesoni kaimosae (コブラ)

手法

溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing

Model details

closest to the average, model 2

データ登録者

Chuang, W.J. / Cheng, C.H. / Chen, Y.C. / Shiu, J.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2012
タイトル: Dynamics and functional differences between dendroaspin and rhodostomin: Insights into protein scaffolds in integrin recognition
著者: Cheng, C.H. / Chen, Y.C. / Shiu, J.H. / Chang, Y.T. / Chang, Y.S. / Huang, C.H. / Chen, C.Y. / Chuang, W.J.

履歴

登録	2011年3月1日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年3月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年12月19日	Group: Database references
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2la1.cif.gz	348.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2la1.ent.gz	292.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2la1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2la1_validation.pdf.gz	466.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2la1_full_validation.pdf.gz	747.9 KB	表示
XML形式データ	2la1_validation.xml.gz	69.7 KB	表示
CIF形式データ	2la1_validation.cif.gz	80.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/2la1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/la/2la1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2a7t-2 1jza-1 1dq7-1 1jza-2 1dq7-2 2a7t-1 1jzb-d 1t7e-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 6915

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Mambin

6.76 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Mambin / Dendroaspin / Glycoprotein IIb-IIIa antagonist / Platelet aggregation inhibitor 分子量: 6761.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Dendroaspis jamesoni kaimosae (コブラ) 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33 / 参照: UniProt: P28375

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	2	2D 1H-15N HSQC
1	4	2	3D 1H-15N NOESY
1	5	2	3D 1H-15N TOCSY
1	6	2	3D HNHA

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	3.18 mM H2O-1, 90% H2O/10% D2O	90% H2O/10% D2O
2	1.92 mM [U-98% 15N] H2O-2, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
3.18 mM	H2O-1		1
1.92 mM	H2O-2	[U-98% 15N]	2

試料状態

pH: 4.0 / 圧: ambient / 温度: 300 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR		Bruker Biospin	collection
AURELIA		Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzer	peak picking
AURELIA		Neidig, Geyer, Gorler, Antz, Saffrich, Beneicke, Kalbitzer	chemical shift assignment
X-PLOR	3.85	Brunger	精密化
X-PLOR NIH			精密化

精密化

手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 777 / NOE intraresidue total count: 69 / NOE long range total count: 271 / NOE medium range total count: 249 / NOE sequential total count: 105 / Disulfide bond constraints total count: 4 / Hydrogen bond constraints total count: 21 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 58 / Protein psi angle constraints total count: 0

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: lowest energy / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å / 代表コンフォーマー: 2

NMR ensemble rms

Distance rms dev: 1.25 Å / Distance rms dev error: 0.44 Å

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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