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万見
- PDB-2l95: Solution Structure of Cytotoxic T-Lymphocyte Antigent-2(Ctla prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l95
タイトルSolution Structure of Cytotoxic T-Lymphocyte Antigent-2(Ctla protein), Crammer at pH 6.0
要素Crammer
キーワードHYDROLASE / CRAMMER / CYSTEINE PROTEINASE INHIBITOR / INTRINSIC DISORDER P CTLA-2-LIKE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


short-term memory / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / long-term memory / endomembrane system / lysosome
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2250 / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Tseng, T.S. / Cheng, C.S. / Liu, Y.N. / Lyu, P.C.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: A molten globule-to-ordered structure transition of Drosophila melanogaster crammer is required for its ability to inhibit cathepsin.
著者: Tseng, T.S. / Cheng, C.S. / Chen, D.J. / Shih, M.F. / Liu, Y.N. / Hsu, S.T. / Lyu, P.C.
履歴
登録2011年1月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crammer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5961
ポリマ－9,5961
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5710 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Crammer / LP06209p


分子量: 9595.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CER, CER-RA, DMEL_CG10460 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: A1ZBK7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D DQF-COSY
1332D 1H-1H COSY
1432D 1H-1H NOESY
1523D CBCA(CO)NH
1623D HNCO
1723D HNCA
1823D HN(CA)CB
1923D HBHA(CO)NH
11023D HN(CO)CA
11123D 1H-15N NOESY
11223D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.3 mM [U-99% 15N] CRAMMER-1, 10 mM Citric-acid phosphate-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CRAMMER-3, 10 mM Citric-acid phosphate-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM CRAMMER-5, 10 mM Citric-acid phosphate-6, 10mM citric-acid phosphate10mM citric-acid phosphate
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.3 mMCRAMMER-1[U-99% 15N]1
10 mMCitric-acid phosphate-21
0.5 mMCRAMMER-3[U-99% 13C; U-99% 15N]2
10 mMCitric-acid phosphate-42
0.5 mMCRAMMER-53
10 mMCitric-acid phosphate-63
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: BRUKER AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE, JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
CNS1.1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE, JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARRENデータ解析
SparkyGoddard構造決定
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardchemical shift calculation
SparkyGoddardpeak picking
PSVSBhattacharya and Montelione構造決定
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichcollection
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: SIMULATED ANNEALING, MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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