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万見
- PDB-2l8x: Spatial structure of antimicrobial peptide Arenicin-2 dimer in DP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l8x
タイトルSpatial structure of antimicrobial peptide Arenicin-2 dimer in DPC micelles
要素Arenicin-2
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / arenicin / oligomerization / beta-hairpin / pore forming peptide
機能・相同性BRICHOS domain / BRICHOS domain / BRICHOS domain profile. / defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / Arenicin-2
機能・相同性情報
生物種Arenicola marina (無脊椎動物)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Shenkarev, Z.O. / Trunov, K.I. / Paramonov, A.S. / Arseniev, A.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Molecular mechanism of action of beta-hairpin antimicrobial peptide arenicin: oligomeric structure in dodecylphosphocholine micelles and pore formation in planar lipid bilayers
著者: Shenkarev, Z.O. / Balandin, S.V. / Trunov, K.I. / Paramonov, A.S. / Sukhanov, S.V. / Barsukov, L.I. / Arseniev, A.S. / Ovchinnikova, T.V.
履歴
登録2011年1月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arenicin-2
B: Arenicin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5612
ポリマ－5,5612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Arenicin-2


分子量: 2780.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Arenicola marina (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5SC59
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-13C HSQC
1213D 13C-NOESY-HSQC
1313D (H)CCH-TOCSY
1422D 1H-15N HSQC
1523D 15N-NOESY-HSQC
1633D HNCO
1733D HNCA
1833D HN(CA)CB

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.2mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Arenicin-2; 120mM [U-2H] Dodecil phosphocholine; 100% D2O100% D2O
21.2mM [U-100% 15N] Arenicin-2; 120mM [U-2H] Dodecil phosphocholine; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.2mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Arenicin-2; 120mM [U-2H] Dodecil phosphocholine; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMArenicin-2-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
120 mMDodecil phosphocholine-2[U-2H]1
1.2 mMArenicin-2-3[U-100% 15N]2
120 mMDodecil phosphocholine-4[U-2H]2
1.2 mMArenicin-2-5[U-100% 13C; U-100% 15N]3
120 mMDodecil phosphocholine-6[U-2H]3
試料状態pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 316 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CARA1.8Rochus Kellerchemical shift assignment
CARA1.8Rochus Kellerpeak picking
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
CYANA精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 28 / Protein other angle constraints total count: 1 / Protein phi angle constraints total count: 38
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.11 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.47 Å / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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