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万見
- PDB-2l8f: Structure of a 4X4 Nucleotide RNA Internal Loop from an R2 Retrot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l8f
タイトルStructure of a 4X4 Nucleotide RNA Internal Loop from an R2 Retrotransposon
要素
  • RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*U)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*U)-3')
キーワードRNA / RNA motif / internal loop / 3RRs
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest constraint energy, model 1
データ登録者Lerman, Y. / Kennedy, S.D. / Turner, D.H.
引用ジャーナル: Rna / 年: 2011
タイトル: NMR structure of a 4 x 4 nucleotide RNA internal loop from an R2 retrotransposon: Identification of a three purine-purine sheared pair motif and comparison to MC-SYM predictions.
著者: Lerman, Y.V. / Kennedy, S.D. / Shankar, N. / Parisien, M. / Major, F. / Turner, D.H.
履歴
登録2011年1月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*U)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*U)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0672
ポリマ－7,0672
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 40no restraint violations; low constraint energy
代表モデルモデル #1lowest constraint energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*U)-3')


分子量: 3522.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*U)-3')


分子量: 3545.194 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2112D 1H-15N HSQC
2212D 1H-13C HSQC
3312D 1H-13C HSQC
1422D 1H-13C HSQC
2512D 1H-1H NOESY
2612D 1H-1H NOESY
1712D 1H-1H NOESY
1822D 1H-1H NOESY
2922D 1H-1H NOESY
11022D 1H-1H TOCSY
21122D 1H-1H TOCSY
11222D 1H-1H COSY
11322D 31P-1H COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.5 mM RNA (5'-R(*GP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*U)-3'), 1.5 mM RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*U)-3'), 80 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.5 mM RNA (5'-R(*GP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*U)-3'), 1.5 mM RNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*U)-3'), 80 mM sodium chloride, 10 mM sodium phosphate, 0.5 mM EDTA-10, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
1.5 mMRNA (5'-R(*GP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*U)-3')-11
1.5 mMRNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*U)-3')-21
80 mMsodium chloride-31
10 mMsodium phosphate-41
0.5 mMEDTA-51
1.5 mMRNA (5'-R(*GP*UP*GP*AP*AP*GP*CP*CP*CP*GP*U)-3')-62
1.5 mMRNA (5'-R(*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*U)-3')-72
80 mMsodium chloride-82
10 mMsodium phosphate-92
0.5 mMEDTA-102
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.16.5ambient 293 K
20.16.5ambient 273 K
30.15ambient 273 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Goddardデータ解析
AmberCase, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm構造決定
VNMR6.1CVariancollection
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
Amber精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 215 / NOE intraresidue total count: 79 / NOE long range total count: 40 / NOE sequential total count: 136
代表構造選択基準: lowest constraint energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: no restraint violations; low constraint energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0.18 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.003 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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