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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l7k
タイトルSolution NMR Structure of protein CD1104.2 from Clostridium difficile, Northeast Structural Genomics Consortium Target CfR130
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性Sporulation protein-like / Putative transposon-transfer assisting protein / Putative transposon-transfer assisting superfamily / Putative transposon-transfer assisting protein / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Putative conjugative transposon protein Tn1549-like, CTn4-Orf17
機能・相同性情報
生物種Clostridium difficile (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Pulavarti, S.V.S.R.K. / Eletsky, A. / Mills, J.L. / Sukumaran, D.K. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...Pulavarti, S.V.S.R.K. / Eletsky, A. / Mills, J.L. / Sukumaran, D.K. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Lee, H. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of CfR130 from Clostridium difficile, Northeast Structural Genomics Consortium Target CfR130
著者: Pulavarti, S.V.S.R.K. / Eletsky, A. / Mills, J.L. / Sukumaran, D.K. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Lee, H. / Prestegard, J.H. / ...著者: Pulavarti, S.V.S.R.K. / Eletsky, A. / Mills, J.L. / Sukumaran, D.K. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Lee, H. / Prestegard, J.H. / Montelione, G.T. / Szyperski, T.
履歴
登録2010年12月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年2月22日Group: Structure summary
改定 1.32012年2月29日Group: Database references / Structure summary
改定 1.42012年8月15日Group: Structure summary
改定 1.52023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7511
ポリマ－8,7511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 8750.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア)
株: 630 / 遺伝子: CD1104.2, CD1104B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q18AW3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
141(4,3)D GFT-HNCACBCA
151(4,3)D GFT-CBCACA(CO)NHN
1613D HNCO
1713D HN(CA)CO
1813D GFT (H)CCH-COSY-ali
1913D GFT (H)CCH-COSY-aro
11013D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
11113D (H)CCH-TOCSY-ali
11222D 1H-13C CT-HSQC aliphatic
1131(4,3)D GFT-HABCAB(CO)NHN
11432D 1H-15N J-MODULATED HSQC
11542D 1H-15N J-MODULATED HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.61 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CfR130, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.68 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] CfR130, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31.68 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] CfR130, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 4 % PEG, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.68 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] CfR130, 20 mM MES, 100 mM sodium chloride, 0.02 % sodium azide, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 50 uM DSS, 13.2 mg/ml Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.61 mMCfR130-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
100 mMsodium chloride-31
0.02 %sodium azide-41
5 mMcalcium chloride-51
10 mMDTT-61
50 uMDSS-71
1.68 mMCfR130-8[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMMES-92
100 mMsodium chloride-102
0.02 %sodium azide-112
5 mMcalcium chloride-122
10 mMDTT-132
50 uMDSS-142
1.68 mMCfR130-15[U-5% 13C; U-100% 15N]3
20 mMMES-163
100 mMsodium chloride-173
0.02 %sodium azide-183
5 mMcalcium chloride-193
10 mMDTT-203
50 uMDSS-213
4 %PEG-223
1.68 mMCfR130-23[U-5% 13C; U-100% 15N]4
20 mMMES-244
100 mMsodium chloride-254
0.02 %sodium azide-264
5 mMcalcium chloride-274
10 mMDTT-284
50 uMDSS-294
13.2 mg/mLPf1 phage-304
試料状態イオン強度: 0.11 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
VnmrJVariancollection
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
PROSA6.4Guntert解析
PSVSBhattacharya and Montelioneanalysis of structure
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: energy minimization
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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