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万見
- PDB-2l74: Solution structure of the PilZ domain protein PA4608 complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l74
タイトルSolution structure of the PilZ domain protein PA4608 complex with c-di-GMP identifies charge clustering as molecular readout
要素Putative uncharacterized protein PA4608
キーワードc-di-GMP binding protein / PilZ / PA4608 / c-di-GMP / Unknown Function
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic-di-GMP binding
類似検索 - 分子機能
Cyclic di-GMP binding protein, PA4608 type / predicted glycosyltransferase like domains / PilZ domain / PilZ domain / Thrombin, subunit H / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C2E / Cyclic diguanosine monophosphate-binding protein PA4608
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Habazettl, J. / Allan, M. / Jenal, U. / Grzesiek, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Solution structure of the PilZ domain protein PA4608 complex with cyclic di-GMP identifies charge clustering as molecular readout
著者: Habazettl, J. / Allan, M.G. / Jenal, U. / Grzesiek, S.
履歴
登録2010年12月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月28日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein PA4608
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1463
ポリマ－16,7651
非ポリマー1,3812
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein PA4608


分子量: 16764.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA4608 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9HVI1
#2: 化合物 ChemComp-C2E / 9,9'-[(2R,3R,3aS,5S,7aR,9R,10R,10aS,12S,14aR)-3,5,10,12-tetrahydroxy-5,12-dioxidooctahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8]tetraoxadiphosphacyclododecine-2,9-diyl]bis(2-amino-1,9-dihydro-6H-purin-6-one) / c-di-GMP / Cyclic diguanosine monophosphate / c-di-GMP


分子量: 690.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24N10O14P2
非ポリマーの詳細THE NOMENCLATURE OF C2E IN PDB FOLLOWS THE PDB'S CHEMICAL COMPONENT DICTIONARY. THEREFORE ...THE NOMENCLATURE OF C2E IN PDB FOLLOWS THE PDB'S CHEMICAL COMPONENT DICTIONARY. THEREFORE DISCREPANCY OF NOMENCLATURE WILL APPEAR BETWEEN PDB AND THE REFERENCE ARTICLE.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1943D (H)CCH-TOCSY (Ribose)
31043D (H)CCH-COSY (Ribose)
1113HAHB
1124HAHB (Ribose)
1135HAHB (Ribose)
114613C-{13Cg}spin-echo difference H-15N HSQC
115615N-{13Cg} spin-echo diference H-15N HAQC
1163Methyl C
1173Methyl N
11863D 1H-15N ROESY
11913D 1H-15N NOESY
12013D 1H-13C NOESY aliphatic
12113D 1H-13C NOESY aromatic
12263D 1H-13C NOESY(Ribose)
12334D 13C-13C NOESY
12412D 1H-1H NOESY
12512D 1H-1H NOESY (filtered against H bound to 13C, 15N)
1261IPAP 1H-15N HSQC
1275IPAP 1H-15N HSQC
1286J-resolved ct 13C-HSQC
1295J-resolved ct 13C-HSQC
13072D H-resolved 15N EXSY
23173D H-15N-15N EXSY
1322IPAP 1H-15N HSQC
1338IPAP 1H-15N HSQC
33472D 1H resolved 15N EXSY
23572D 1H-resolved 15N EXSY
13622D 1H-15N HSQC
137215N Relaxation
138115N Relaxation

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1250 mM sodium chloride-1; 10 mM TRIS-2; 0.01 % sodium azide-3; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2250 mM sodium chloride-4; 10 mM TRIS-5; 0.01 % sodium azide-6; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
3250 mM sodium chloride-7; 10 mM TRIS-8; 0.01 % sodium azide-9; 100% D2O100% D2O
4250 mM sodium chloride-10; 10 mM TRIS-11; 0.01 % sodium azide-12; 100% D2O100% D2O
5250 mM sodium chloride-13; 10 mM TRIS-14; 0.01 % sodium azide-15, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
6250 mM sodium chloride-16; 10 mM TRIS-17; 0.01 % sodium azide-18; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
7250 mM sodium chloride-19; 10 mM TRIS-20; 0.01 % sodium azide-21; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
8250 mM sodium chloride-22; 10 mM TRIS-23; 0.01 % sodium azide-24; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
250 mMsodium chloride-11
10 mMTRIS-21
0.01 %sodium azide-31
250 mMsodium chloride-42
10 mMTRIS-52
0.01 %sodium azide-62
250 mMsodium chloride-73
10 mMTRIS-83
0.01 %sodium azide-93
250 mMsodium chloride-104
10 mMTRIS-114
0.01 %sodium azide-124
250 mMsodium chloride-135
10 mMTRIS-145
0.01 %sodium azide-155
250 mMsodium chloride-166
10 mMTRIS-176
0.01 %sodium azide-186
250 mMsodium chloride-197
10 mMTRIS-207
0.01 %sodium azide-217
250 mMsodium chloride-228
10 mMTRIS-238
0.01 %sodium azide-248
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.7ambient 293 K
26.7ambient 313 K
36.7ambient 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DPXBrukerDPX8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PIPPGarrettpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddard構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddard精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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