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万見
- PDB-2l6w: PDGFR beta-TM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l6w
タイトルPDGFR beta-TM
要素Beta-type platelet-derived growth factor receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transmembrane helix / receptor tyrosine kinase / heptad repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


platelet activating factor receptor activity / platelet-derived growth factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / smooth muscle cell chemotaxis / metanephric glomerular capillary formation / cell migration involved in vasculogenesis / aorta morphogenesis ...platelet activating factor receptor activity / platelet-derived growth factor receptor activity / platelet-derived growth factor beta-receptor activity / cell migration involved in coronary angiogenesis / metanephric glomerular mesangial cell proliferation involved in metanephros development / positive regulation of metanephric mesenchymal cell migration by platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / smooth muscle cell chemotaxis / metanephric glomerular capillary formation / cell migration involved in vasculogenesis / aorta morphogenesis / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / platelet-derived growth factor binding / vascular endothelial growth factor binding / retina vasculature development in camera-type eye / cardiac myofibril assembly / phosphatidylinositol metabolic process / Signaling by PDGF / positive regulation of chemotaxis / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of DNA biosynthetic process / positive regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of calcium ion import / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / : / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / : / positive regulation of calcium-mediated signaling / Downstream signal transduction / positive regulation of mitotic nuclear division / lysosomal lumen / cell chemotaxis / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of MAP kinase activity / receptor protein-tyrosine kinase / peptidyl-tyrosine phosphorylation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cytoplasmic vesicle / RAF/MAP kinase cascade / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / focal adhesion / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / Golgi apparatus / enzyme binding / signal transduction / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Platelet-derived growth factor receptor beta / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain ...Platelet-derived growth factor receptor beta / Tyrosine-protein kinase, receptor class III, conserved site / Receptor tyrosine kinase class III signature. / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Platelet-derived growth factor receptor beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Muhle-Goll, C. / Hoffmann, S. / Ulrich, A.S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Hydrophobic matching controls the tilt and stability of the dimeric platelet-derived growth factor receptor (PDGFR) beta transmembrane segment.
著者: Muhle-Goll, C. / Hoffmann, S. / Afonin, S. / Grage, S.L. / Polyansky, A.A. / Windisch, D. / Zeitler, M. / Burck, J. / Ulrich, A.S.
履歴
登録2010年11月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-type platelet-derived growth factor receptor
B: Beta-type platelet-derived growth factor receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8432
ポリマ－8,8432
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Beta-type platelet-derived growth factor receptor / PDGF-R-beta / CD140 antigen-like family member B


分子量: 4421.528 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 526-563 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDGFRB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 / 参照: UniProt: P09619, receptor protein-tyrosine kinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: transmembrane helix of the platelet derived growth factor receptor beta
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N TOCSY
1213D 1H-15N NOESY
2313D 1H-15N NOESY
1423D HN(CA)CB
1523D HNCA
1623D CBCA(CO)NH
1723D C(CO)NH
1843D 1H-13C NOESY
2943D 1H-13C NOESY
21033D 13C-filtered 13C-edited NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] PDGFR-TM, 200 mM [U-2H] DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PDGFR-TM, 200 mM [U-2H] DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] and natural abundance PDGFR-TM, 200 mM DPC, 100% D2O100% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PDGFR-TM, 200 mM [U-2H] DPC, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMPDGFR-TM-1[U-100% 15N]1
200 mMDPC-2[U-2H]1
1 mMPDGFR-TM-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
200 mMDPC-4[U-2H]2
1 mMPDGFR-TM-5[U-100% 13C; U-100% 15N] and natural abundance3
200 mMDPC-63
1 mMPDGFR-TM-7[U-100% 13C; U-100% 15N]4
200 mMDPC-8[U-2H]4
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
11206.8ambient 323 K
21206.8ambient 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE9002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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