PDB-2l6b: NRC consensus ankyrin repeat protein solution structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2l6b

タイトル

NRC consensus ankyrin repeat protein solution structure

要素

NR1C

キーワード

DE NOVO PROTEIN / NRC / ankyrin / consensus / repeat protein / ising model

機能・相同性

Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing

Model details

closest to the average, model 5

データ登録者

Aksel, T. / Majumdar, A. / Barrick, D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: The contribution of entropy, enthalpy, and hydrophobic desolvation to cooperativity in repeat-protein folding.
著者: Aksel, T. / Majumdar, A. / Barrick, D.

履歴

登録	2010年11月17日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2l6b.cif.gz	615.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2l6b.ent.gz	513.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2l6b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/2l6b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/2l6b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6r1l-d 2kij-d 5zqh-d 2l9d-d 2d8c-d 3f8c-d 1y00-d 6fuu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 17306

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NR1C

12.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 80	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #5	closest to the average

#1: タンパク質	NR1C 分子量: 12348.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D CBCA(CO)NH
1	3	1	3D HN(CA)CB
1	4	1	3D HBHA(CO)NH
1	5	1	3D HNCO
1	6	1	3D HNHA
1	7	1	3D 1H-15N NOESY
1	8	1	3D 1H-13C NOESY
1	9	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	10	1	3D H(CCO)NH
1	11	1	2D 1H-15N HSQC

-
試料調製

詳細

内容: 25 mM sodium phosphate, 25 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
25 mM	sodium phosphate-1	1
25 mM	sodium chloride-2	1

試料状態

Conditions-ID	イオン強度	pH	圧 (kPa)	温度 (K)
1	63	6.5	ambient	298 K
2	63	6.5	ambient	298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker Avance	Bruker	AVANCE	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	chemical shift assignment
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化
UNIO	2.0.1	Dr. Torsten Herrmann	chemical shift assignment
UNIO	2.0.1	Dr. Torsten Herrmann	構造決定
CARA	1.8.4	Kurt W thrich	chemical shift assignment
CARA	1.8.4	Kurt W thrich	データ解析
X-PLOR NIH	2.24	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化
ModelFree	4.2	Palmer	データ解析
NMRPipe	5.5	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
TALOS		Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析

精密化

手法: torsion angle dynamics, DGSA-distance geometry simulated annealing
ソフトェア番号: 1
詳細: UNIO+CYANA used together for initial structure determination, XPLOR-NIH used for final refinement

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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