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万見
- PDB-2l5z: NMR structure of the A730 loop of the Neurospora VS ribozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l5z
タイトルNMR structure of the A730 loop of the Neurospora VS ribozyme
要素RNA (26-MER)
キーワードRNA / internal loop / VS ribozyme
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Neurospora (菌類)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsminimized average, model 1
データ登録者Desjardins, G. / Bonneau, E. / Girard, N. / Boisbouvier, J. / Legault, P.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: NMR structure of the A730 loop of the Neurospora VS ribozyme: insights into the formation of the active site.
著者: Desjardins, G. / Bonneau, E. / Girard, N. / Boisbouvier, J. / Legault, P.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure of the A730 loop of the Neurospora VS Ribozyme: Insights into the Formation of the Active Site
著者: Desjardins, G. / Bonneau, E. / Girard, N. / Boisbouvier, J. / Legault, P.
履歴
登録2010年11月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4211
ポリマ－8,4211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: RNA鎖 RNA (26-MER)


分子量: 8421.106 Da / 分子数: 1 / 断片: A730 loop domain of the VS ribozyme / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Neurospora (菌類)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2162D 1H-13C CT-HSQC
2262D 1H-13C HMQC
2362D 1H-15N MQ-(HC)N(C)H
2463D CT-(H)CCH-COSY
2563D (H)CCH-TOCSY
2663D 13C-edited HMQC-NOESY
1711D flip-back WATERGATE 1H
1812D flip-back WATERGATE NOESY
1932D imino- and amino-optimized 2D 1H-15N HSQC
11052D H(NCCC)H for uracil and cytosine residues
11152D H(NC)-TOCSY-(C)H for guanosine residues
11252D (H)N(C)-TOCSY-(C)H for adenosine residues
11332D 1H-15N CPMG-NOESY
21442D 1H 15N HMQC optimized for transfers via J=7.0 Hz and J=21 Hz
11532D HNN-COSY
21622D DQF-COSY
21763D (H)CCH-E.COSY
11872D imino-optimized 2D 1H-15N HSQC
2198Spin-state selective experiments
2206Spin-state selective experiments

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4-1.8 mM VS ribozyme SVI RNA (26-MER)-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.4-1.8 mM VS ribozyme SVI RNA (26-MER)-2, 100% D2O100% D2O
30.4-1.8 mM [U-15N] VS ribozyme SVI RNA (26-MER)-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.4-1.8 mM [U-15N] VS ribozyme SVI RNA (26-MER)-4, 100% D2O100% D2O
50.4-1.8 mM [U-13C; U-15N] VS ribozyme SVI RNA (26-MER)-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
60.4-1.8 mM [U-13C; U-15N] VS ribozyme SVI RNA (26-MER)-6, 100% D2O100% D2O
70.4 mM [U-15N] VS ribozyme SVI RNA (26-MER)-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
80.4 mM [U-13C; U-15N] VS ribozyme SVI RNA (26-MER)-8, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMVS ribozyme SVI RNA (26-MER)-10.4-1.81
mMVS ribozyme SVI RNA (26-MER)-20.4-1.82
mMVS ribozyme SVI RNA (26-MER)-3[U-15N]0.4-1.83
mMVS ribozyme SVI RNA (26-MER)-4[U-15N]0.4-1.84
mMVS ribozyme SVI RNA (26-MER)-5[U-13C; U-15N]0.4-1.85
mMVS ribozyme SVI RNA (26-MER)-6[U-13C; U-15N]0.4-1.86
0.4 mMVS ribozyme SVI RNA (26-MER)-7[U-15N]7
0.4 mMVS ribozyme SVI RNA (26-MER)-8[U-13C; U-15N]8
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
150 mM KCl and 5 mM MgCl2 6.5ambient atm288 K
250 mM KCl and 5 mM MgCl2 6.5ambient atm288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Varian INOVAVarianINOVA8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Module1(Module)データ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
Curves+(CURVES) Lavery, R., Moakher, M., Maddocks, J.H., Petkeviciute, D. and Zakrzewska, K.structure analysis
PyMOLPyMol (Schr dinger)structure display
PyMOLPyMol (Schr dinger)structure analysis
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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