PDB-2l5r: Conformational and membrane interactins studies of antimicrobial ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2l5r

タイトル

Conformational and membrane interactins studies of antimicrobial peptide Alyteserin-1C

要素

Antimicrobial peptide Alyteserin-1C

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / alpha helix

機能・相同性

Antimicrobial peptide Alyteserin-1C

機能・相同性情報

生物種

Alytes obstetricans (カエル)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Subasinghage, A.P. / Hewage, C.M. / Conlon, M.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Conformational and membrane interaction studies of the antimicrobial peptide alyteserin-1c and its analogue [E4K]alyteserin-1c.
著者: Subasinghage, A.P. / O'Flynn, D. / Conlon, J.M. / Hewage, C.M.

履歴

登録	2010年11月3日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年6月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2l5r.cif.gz	118.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2l5r.ent.gz	82.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2l5r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/2l5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/2l5r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4mgp-d 6psl-1 5u9x-d 2ojo-d 2mmj-d 1fi0-d 1kzv-d 5u9r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antimicrobial peptide Alyteserin-1C

2.27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Antimicrobial peptide Alyteserin-1C 分子量: 2270.714 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Alytes obstetricans (カエル) / 参照: UniProt: H0USY4*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 290 mM DHPC, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 290 mM / 構成要素: DHPC
試料状態	圧: ambient / 温度: 307 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	2	Bruker Biospin	collection
TopSpin	2	Bruker Biospin	解析
TopSpin	2	Bruker Biospin	データ解析
Sparky	3.114	Goddard	peak picking
Sparky	3.114	Goddard	chemical shift assignment
CYANA	2	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
SYBYL	6.8.1	Tripos	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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