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万見
- PDB-2l52: Solution structure of the small archaeal modifier protein 1 (SAMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l52
タイトルSolution structure of the small archaeal modifier protein 1 (SAMP1) from Methanosarcina acetivorans
要素METHANOSARCINA ACETIVORANS SAMP1 HOMOLOG
キーワードPROTEIN BINDING / beta-grasp fold / SAMP1 / SAMP / E1-LIKE / SAMP-ACTIVATOR / ELSA / ADENYLATION / UBIQUITIN
機能・相同性
機能・相同性情報


MoaD, archaeal-type / : / Sulfur carrier ThiS/MoaD-like / ThiS family / Molybdopterin synthase/thiamin biosynthesis sulphur carrier, beta-grasp / Beta-grasp domain / Beta-grasp domain superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin converting factor, subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Damberger, F.F. / Ranjan, N. / Sutter, M. / Allain, F.H.-T. / Weber-Ban, E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Solution structure and activation mechanism of ubiquitin-like small archaeal modifier proteins.
著者: Ranjan, N. / Damberger, F.F. / Sutter, M. / Allain, F.H. / Weber-Ban, E.
履歴
登録2010年10月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHANOSARCINA ACETIVORANS SAMP1 HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7081
ポリマ－10,7081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 120structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 METHANOSARCINA ACETIVORANS SAMP1 HOMOLOG


分子量: 10708.403 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
遺伝子: moaD, MA_4086 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8TIQ6

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C NOESY
1313D 1H-13C NOESY
1414D APSY-HACANH
1515D APSY-CBCA(CO)NH
1615D APSY-(HA)CA(CO)NH
1715D APSY-HC(CC-TOCSY)CONH
1814D APSY-(H)CCH-COSY
1914D aromatic APSY-(H)CCH-COSY
11014D APSY-HBCB(CG)CDHD
11122D 1H-15N HSQC
11212D 15N{1H}-NOE-[15N,1H]-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-99% 15N] protein, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSAMP1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
150 mMsodium chloride-21
20 mMsodium phosphate-31
0.1 mMEDTA-41
1 mMSAMP1-5[U-99% 15N]2
150 mMsodium chloride-62
20 mMsodium phosphate-72
0.1 mMEDTA-82
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE5003
Bruker AvanceBrukerAVANCE7004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and KOLLMANN精密化
CYANA3CYANA (Peter Guntert)構造決定
UNIO10(Torsten Herrmann)peak picking
UNIO10(Torsten Herrmann)構造決定
CARA1.8Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8Keller and Wuthrichデータ解析
GAPRO0.9.8Sebastian Hiller & Gerhard Widerpeak picking
GAPRO0.9.8Sebastian Hiller & Gerhard Widerchemical shift assignment
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
MOLMOL2.2KKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
MATCHHerrmann and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The ensemble of 20 CYANA lowest target function conformers was minimized in AMBER using the rna.ff99 forcefield and generalized born solvent model.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 120 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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