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万見
- PDB-2l4w: NMR structure of the Xanthomonas VirB7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4w
タイトルNMR structure of the Xanthomonas VirB7
要素Uncharacterized protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type IV secretion system / VirB7 / N0 domain / MEMBRANE PROTEIN / Xanthomonas / Lipoprotein / Bacterial outer membrane
機能・相同性Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #70 / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q, C-terminal / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Alpha Beta / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing cartesian dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Souza, D.P. / Farah, C.S. / Salinas, R.K.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: A Component of the Xanthomonadaceae Type IV Secretion System Combines a VirB7 Motif with a N0 Domain Found in Outer Membrane Transport Proteins.
著者: Souza, D.P. / Andrade, M.O. / Alvarez-Martinez, C.E. / Arantes, G.M. / Farah, C.S. / Salinas, R.K.
履歴
登録2010年10月15日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8711
ポリマ－12,8711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 300structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 12871.409 Da / 分子数: 1 / 断片: VirB7-Xac2622, UNP residues 24-139 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: XAC2622 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RP / 参照: UniProt: Q8PJB3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the VirB7 protein coded by the Xanthomonas Type IV Secretion System
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1322D 1H-1H TOCSY
1412D 1H-1H NOESY
1513D HNCO
1613D HN(CA)CO
1713D HNCA
1813D HN(CO)CA
1913D HN(CA)CB
11013D CBCA(CO)NH
11122D 1H-1H NOESY
11213D C(CO)NH
11313D HBHA(CO)NH
11413D H(CCO)NH
11523D (H)CCH-TOCSY
11613D HNHA
11713D 1H-15N NOESY
11813D 1H-15N TOCSY
11923D 1H-13C NOESY
22012D 1H-15N HSQC J-MODULATED

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VirB7 - Xac2622-1, 10 mM [U-99% 2H] sodium acetate-2, 50 mM sodium chloride-3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VirB7 - Xac2622-4, 10 mM [U-99% 2H] sodium acetate-5, 50 mM sodium chloride-6, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.2 mMVirB7 - Xac2622-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
10 mMsodium acetate-2[U-99% 2H]1
50 mMsodium chloride-31
0.2 mMVirB7 - Xac2622-4[U-99% 13C; U-99% 15N]2
10 mMsodium acetate-5[U-99% 2H]2
50 mMsodium chloride-62
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.06 5.0 ambient 313 K
20.06 5.0 ambient 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe97.027.12.56Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisVersion 1.0. Release 15CCPNpeak picking
CcpNmr AnalysisVersion 1.0. Release 15CCPNchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxdihedral angle prediction
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
HADDOCK2Cyril Dominguez, Rolf Boelens and Alexandre M.J.J. Bonvin精密化
PALES2.1Markus Zweckstetter, Ad Baxrdc data analysis
Module 22Patrice Dosset, Martin Blackledgerdc data analysis
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing cartesian dynamics
ソフトェア番号: 1
詳細: 300 structures were calculated using the program Cyana. 50 structures with lowest target function were selected for further refinement., 50 Cyana structures were refined in explicit solvent ...詳細: 300 structures were calculated using the program Cyana. 50 structures with lowest target function were selected for further refinement., 50 Cyana structures were refined in explicit solvent using the HADDOCK program. 20 lowest energy structures were selected.
NMR constraintsNOE constraints total: 2056 / NOE intraresidue total count: 438 / NOE long range total count: 663 / NOE medium range total count: 382 / NOE sequential total count: 573 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 60 / Protein psi angle constraints total count: 60
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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