[日本語] English
万見
- PDB-2l4o: Solution structure of the Streptococcus pneumoniae RrgB pilus bac... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4o
タイトルSolution structure of the Streptococcus pneumoniae RrgB pilus backbone D1 domain
要素Cell wall surface anchor family protein
キーワードCELL ADHESION / RrgB / Streptococcus pneumoniae / pilus
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能
Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / LPXTG cell wall anchor motif / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold ...Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 3, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin backbone subunit 2, Cna-B-like domain / Gram-positive pilin subunit D1, N-terminal domain / Fimbrial isopeptide formation D2 domain / LPXTG cell wall anchor motif / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell wall surface anchor family protein / Cell wall surface anchor family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailsCING analysis, model 20
データ登録者Gentile, M.A. / Melchiorre, S. / Emolo, C. / Moschioni, M. / Gianfaldoni, C. / Pancotto, L. / Ferlenghi, I. / Scarselli, M. / Pansegrau, W. / Veggi, D. ...Gentile, M.A. / Melchiorre, S. / Emolo, C. / Moschioni, M. / Gianfaldoni, C. / Pancotto, L. / Ferlenghi, I. / Scarselli, M. / Pansegrau, W. / Veggi, D. / Merola, M. / Cantini, F. / Ruggiero, P. / Banci, L. / Masignani, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of the Streptococcus pneumoniae RrgB pilus backbone D1 domain: in vivo protection and implications for the molecular mechanisms of pilus polymerization
著者: Gentile, M.A. / Melchiorre, S. / Emolo, C. / Moschioni, M. / Gianfaldoni, C. / Pancotto, L. / Ferlenghi, I. / Scarselli, M. / Pansegrau, W. / Veggi, D. / Merola, M. / Cantini, F. / Ruggiero, ...著者: Gentile, M.A. / Melchiorre, S. / Emolo, C. / Moschioni, M. / Gianfaldoni, C. / Pancotto, L. / Ferlenghi, I. / Scarselli, M. / Pansegrau, W. / Veggi, D. / Merola, M. / Cantini, F. / Ruggiero, P. / Banci, L. / Masignani, V.
履歴
登録2010年10月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cell wall surface anchor family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3741
ポリマ－19,3741
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 400target function
代表モデルモデル #1cing analysis

-
要素

#1: タンパク質 Cell wall surface anchor family protein


分子量: 19373.766 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain (UNP RESIDUES 23-191) / 変異: BACKBONE SUBUNIT PILI RESIDUES 20-193 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: rrgB, SP_0463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97SC2, UniProt: A0A0H2UNM7*PLUS

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H TOCSY
1312D 1H-15N HSQC
1432D 1H-13C HSQC
1533D HN(COCA)CB
1633D HN(CA)CB
1733D HNCO
1833D HN(CO)CA
1933D HBHA(CO)NH
11033D HNCA
11133D HN(CA)CO
11233D (H)CCH-TOCSY
11313D 1H-15N NOESY
11433D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5 mM [U-95% 15N] PROTEIN-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9 mM PROTEIN-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.4 mM [U-95% 13C; U-95% 15N] PROTEIN-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMDOMAIN OF A CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN-1[U-95% 15N]1
0.9 mMDOMAIN OF A CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN-22
0.4 mMDOMAIN OF A CELL WALL SURFACE ANCHOR FAMILY PROTEIN-3[U-95% 13C; U-95% 15N]3
試料状態pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
Amber10Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo and Kollm精密化
TopSpin2Bruker Biospin解析
CARA2Keller and Wuthrichデータ解析
XEASYBartels et al.データ解析
CINGGeerten W. Vuister , Jurgen F. Doreleijers and Alan Wilter Sousa da Silvastructure validation
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxcollection
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures were based on a total of 3131 distance constraints and 234 dihedral angle restraints, 400 random conformers were annealed in 8000 steps
代表構造選択基準: cing analysis
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 20
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.4 Å / Distance rms dev error: 0.15 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る