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万見
- PDB-2l3y: Solution structure of mouse IL-6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l3y
タイトルSolution structure of mouse IL-6
要素Interleukin-6
キーワードTRANSCRIPTION / CYTOKINE / INTERLEUKIN / SIGNALING / GP-130
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of gliogenesis / lymphocyte costimulation / negative regulation of chemokine production => GO:0032682 / negative regulation of muscle organ development / interleukin-21 production / negative regulation of cytokine production => GO:0001818 / negative regulation of membrane potential / positive regulation of immunoglobulin production => GO:0002639 / positive regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032760 / positive regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032760 ...positive regulation of gliogenesis / lymphocyte costimulation / negative regulation of chemokine production => GO:0032682 / negative regulation of muscle organ development / interleukin-21 production / negative regulation of cytokine production => GO:0001818 / negative regulation of membrane potential / positive regulation of immunoglobulin production => GO:0002639 / positive regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032760 / positive regulation of tumor necrosis factor production => GO:0032760 / immunoglobulin production / glucagon secretion / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / positive regulation of miRNA processing / regulation of glucagon secretion / Interleukin-6 signaling / : / hepatic immune response / negative regulation of interleukin-1-mediated signaling pathway / regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of transmission of nerve impulse / negative regulation of primary miRNA processing / T follicular helper cell differentiation / germinal center B cell differentiation / interleukin-6 receptor complex / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / positive regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Post-translational protein phosphorylation / negative regulation of hormone secretion / cellular response to prolactin / hepatocyte proliferation / : / neutrophil apoptotic process / interleukin-6 receptor binding / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / response to xenobiotic stimulus => GO:0009410 / T-helper 17 cell lineage commitment / response to yeast / regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / response to auditory stimulus / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / positive regulation of B cell activation / endocrine pancreas development / positive regulation of acute inflammatory response / vascular endothelial growth factor production / branching involved in salivary gland morphogenesis / bone remodeling / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / negative regulation of bone resorption / response to caffeine / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / myeloid cell homeostasis / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / muscle cell cellular homeostasis / interleukin-6-mediated signaling pathway / defense response to protozoan / positive regulation of interleukin-17 production / regulation of insulin secretion / positive regulation of interleukin-10 production / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / response to amino acid / cellular response to nutrient levels / negative regulation of gluconeogenesis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to electrical stimulus / positive regulation of chemokine production / positive regulation of T cell proliferation / response to glucocorticoid / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of glial cell proliferation / T cell activation / positive regulation of neuron differentiation / response to cold / cellular response to dexamethasone stimulus / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / positive regulation of epithelial cell proliferation / cell redox homeostasis / positive regulation of DNA replication / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to activity / cytokine activity / acute-phase response / positive regulation of interleukin-8 production / cellular response to estradiol stimulus / positive regulation of translation / liver regeneration / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of protein kinase activity / growth factor activity / wound healing / response to insulin
類似検索 - 分子機能
Interleukin-6 / Interleukin-6/G-CSF/MGF family / Interleukin-6/GCSF/MGF, conserved site / Interleukin-6 / G-CSF / MGF signature. / Interleukin-6/GCSF/MGF / Interleukin-6 homologues / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Veverka, V. / Redpath, N.T. / Carrington, B. / Muskett, F.W. / Taylor, R.J. / Henry, A.J. / Carr, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Conservation of functional sites on interleukin-6 and implications for evolution of signaling complex assembly and therapeutic intervention.
著者: Veverka, V. / Baker, T. / Redpath, N.T. / Carrington, B. / Muskett, F.W. / Taylor, R.J. / Lawson, A.D. / Henry, A.J. / Carr, M.D.
履歴
登録2010年9月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9231
ポリマ－21,9231
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)52 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-6 / IL-6 / Interleukin HP-1 / B-cell hybridoma growth factor


分子量: 21922.924 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 27-211 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Il6, Il-6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08505

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1342D 1H-1H TOCSY
1442D 1H-1H NOESY
1523D CBCA(CO)NH
1623D HN(CA)CB
1723D HNCO
1833D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-15N TOCSY
11143D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1430 uM [U-100% 15N] IL-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
2350 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] IL-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
3350 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] IL-6, 100% D2O100% D2O
4400 uM IL-6, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
430 uMIL-6-1[U-100% 15N]1
350 uMIL-6-2[U-100% 13C; U-100% 15N]2
350 uMIL-6-3[U-100% 13C; U-100% 15N]3
400 uMIL-6-44
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAvance6001
Bruker AvanceBrukerAvance8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
TOPSPINBruker Biospincollection
TOPSPINBruker Biospin解析
SPARKYGoddardデータ解析
SPARKYGoddardchemical shift assignment
SPARKYGoddardpeak picking
MolmolKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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