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万見
- PDB-2l3x: villin head piece domain of human ABLIM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l3x
タイトルvillin head piece domain of human ABLIM2
要素ABLIM2 protein
キーワードPROTEIN BINDING / actin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DCC mediated attractive signaling / lamellipodium assembly / cytoskeleton organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Putative adherens-junction anchoring domain / : / Putative adherens-junction anchoring region of AbLIM / Villin Headpiece Domain; Chain A / Villin headpiece domain / Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain ...Putative adherens-junction anchoring domain / : / Putative adherens-junction anchoring region of AbLIM / Villin Headpiece Domain; Chain A / Villin headpiece domain / Villin headpiece / Villin headpiece domain superfamily / Villin headpiece domain / Headpiece (HP) domain profile. / Villin headpiece domain / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Actin-binding LIM protein 2 / Actin-binding LIM protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Bruton, S. / Pfuhl, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR study of the actin binding domain of ABLIM2
著者: Bruton, S. / Pfuhl, M.
履歴
登録2010年9月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABLIM2 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2131
ポリマ－8,2131
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 ABLIM2 protein


分子量: 8212.551 Da / 分子数: 1 / 断片: Villin Head Piece Domain (unp residues 455-521) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABLIM2 / プラスミド: pLEICS-07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR (Invitrogen) / 参照: UniProt: Q08E71, UniProt: Q6H8Q1*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1233D CBCA(CO)NH
1333D HN(CA)CB
1433D HNCO
1533D HN(CA)CO
1623D 1H-15N NOESY
1733D HBHA(CO)NH
1812D NOESY
1943D 1H-13C NOESY
11043D (H)CCH-TOCSY
11142D 13C CT-HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM VHD, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
20.7 mM [U-99% 15N] VHD, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VHD, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] VHD, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMVHD-11
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-41
0.02 %sodium azide-51
0.7 mMVHD-6[U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate-72
50 mMsodium chloride-82
2 mMDTT-92
0.02 %sodium azide-102
0.7 mMVHD-11[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMsodium phosphate-123
50 mMsodium chloride-133
2 mMDTT-143
0.02 %sodium azide-153
0.7 mMVHD-16[U-99% 13C; U-99% 15N]4
20 mMsodium phosphate-174
50 mMsodium chloride-184
2 mMDTT-194
0.02 %sodium azide-204
試料状態イオン強度: 90 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CCPN_Analysis2.1CCPN (Laue et al.)chemical shift assignment
CCPN_Analysis2.1CCPN (Laue et al.)peak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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