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- PDB-2l3n: Solution structure of Rap1-Taz1 fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l3n
タイトルSolution structure of Rap1-Taz1 fusion protein
要素DNA-binding protein rap1,Telomere length regulator taz1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RAP1 / TAZ1
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleus leading edge / meiotic attachment of telomeric heterochromatin to spindle pole body / meiotic spindle pole body / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / chromosome, telomeric repeat region / protection from non-homologous end joining at telomere / telomere maintenance via telomere lengthening / shelterin complex ...nucleus leading edge / meiotic attachment of telomeric heterochromatin to spindle pole body / meiotic spindle pole body / mitotic telomere tethering at nuclear periphery / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / chromosome, telomeric repeat region / protection from non-homologous end joining at telomere / telomere maintenance via telomere lengthening / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / nuclear telomere cap complex / telomere capping / telomeric DNA binding / telomere maintenance / nuclear periphery / molecular adaptor activity / chromatin / protein homodimerization activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 - #20 / RAP1 binding motif of TAZ1 / : / S. pombe DNA-binding protein Rap1, C-terminal / Rap1 Myb domain / Rap1 Myb domain / Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TE2IP/Rap1 / Telomere repeat-binding factor, dimerisation domain ...Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 - #20 / RAP1 binding motif of TAZ1 / : / S. pombe DNA-binding protein Rap1, C-terminal / Rap1 Myb domain / Rap1 Myb domain / Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TE2IP/Rap1 / Telomere repeat-binding factor, dimerisation domain / Telomere repeat binding factor (TRF) / Ribosomal Protein S4 Delta 41; Chain A, domain 1 / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomere length regulator taz1 / DNA-binding protein rap1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Zhou, Z.R. / Wang, F. / Chen, Y. / Lei, M. / Hu, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: A conserved motif within RAP1 has diversified roles in telomere protection and regulation in different organisms.
著者: Chen, Y. / Rai, R. / Zhou, Z.R. / Kanoh, J. / Ribeyre, C. / Yang, Y. / Zheng, H. / Damay, P. / Wang, F. / Tsujii, H. / Hiraoka, Y. / Shore, D. / Hu, H.Y. / Chang, S. / Lei, M.
履歴
登録2010年9月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年12月18日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_nmr_software ...citation / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32020年1月1日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding protein rap1,Telomere length regulator taz1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1171
ポリマ－11,1171
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding protein rap1,Telomere length regulator taz1


分子量: 11117.336 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 639-693, 362-395 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of DNA-binding protein rap1 (639-693), Linker (GGSGGSKLGGSGGS) and Telomere length regulator taz1 (362-395)
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843
遺伝子: rap1, SPBC1778.02, taz1, myb, myb1, SPAC16A10.07c
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96TL7, UniProt: P79005
配列の詳細THE FUSION PROTEIN OF DNA-BINDING PROTEIN RAP1 (639-693), LINKER (GGSGGSKLGGSGGS) AND TELOMERE ...THE FUSION PROTEIN OF DNA-BINDING PROTEIN RAP1 (639-693), LINKER (GGSGGSKLGGSGGS) AND TELOMERE LENGTH REGULATOR TAZ1 (362-395)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HN(CA)CB
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HN(CA)CO
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11113D HNHA
11222D 1H-15N IPAP HSQC
11313D CCH-COSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] spRT6-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 1 mM DTT-4, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.6 mM [U-99% 15N] spRT6-5, 20 mM sodium phosphate-6, 50 mM sodium chloride-7, 1 mM DTT-8, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMspRT6-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
1 mMDTT-41
0.6 mMspRT6-5[U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphate-62
50 mMsodium chloride-72
1 mMDTT-82
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.076.5ambient atm298 K
26.5298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: Amber / バージョン: 9
開発者: Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm
分類: 精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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