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- PDB-2l3g: Solution NMR Structure of CH domain of Rho guanine nucleotide exc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l3g
タイトルSolution NMR Structure of CH domain of Rho guanine nucleotide exchange factor 7 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4495E
要素Rho guanine nucleotide exchange factor 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-Biology / calponin-homology domain / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule nucleation / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / focal adhesion assembly / gamma-tubulin binding / positive regulation of fibroblast migration / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / NRAGE signals death through JNK / RHOV GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs ...negative regulation of microtubule nucleation / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / focal adhesion assembly / gamma-tubulin binding / positive regulation of fibroblast migration / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / NRAGE signals death through JNK / RHOV GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / mitotic spindle pole / RHOJ GTPase cycle / Golgi organization / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Rho protein signal transduction / CDC42 GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / RHOA GTPase cycle / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / ruffle / RAC1 GTPase cycle / positive regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / EGFR downregulation / G alpha (12/13) signalling events / lamellipodium / nervous system development / cell cortex / postsynapse / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / focal adhesion / centrosome / neuronal cell body / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Calponin homology domain ...Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Variant SH3 domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, G. / Xiao, R. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Ciccosanti, A. / Shastry, R. / Everett, J. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4495E
著者: Liu, G. / Xiao, R. / Janjua, H. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Acton, T.B. / Everett, J. / Montelione, G.T.
履歴
登録2010年9月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0701
ポリマ－14,0701
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / PAK-interacting exchange factor beta / Beta-Pix / COOL-1 / p85


分子量: 14070.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ARHGEF7, COOL1, KIAA0142, P85SPR, PAK3BP, PIXB, Nbla10314
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14155
配列の詳細RESIDUES 85-105 ARE NOT PRESENT IN THIS ISOFORM 3.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Rho guanine nucleotide exchange factor 7's Alternative name(s)PAK-interacting exchange factor beta Beta-Pix COOL-1 p85) CH domain: calponin-homology domain.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-13C arom NOESY
1713D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.87 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR4495E, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.85 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR4495E, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.87 mMHR4495E-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.85 mMHR4495E-2[U-5% 13C; U-100% 15N]2
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelionedata analysis,refinement
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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