[日本語] English
万見
- PDB-2l2m: Solution structure of the second dsRBD of HYL1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l2m
タイトルSolution structure of the second dsRBD of HYL1
要素Hyponastic leave 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / PLANT PROTEIN / miRNA / dsRBD
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear dicing body / leaf proximal/distal pattern formation / response to cytokinin / ta-siRNA processing / leaf vascular tissue pattern formation / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / response to auxin / response to abscisic acid / miRNA processing / pre-miRNA processing ...nuclear dicing body / leaf proximal/distal pattern formation / response to cytokinin / ta-siRNA processing / leaf vascular tissue pattern formation / miRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / response to auxin / response to abscisic acid / miRNA processing / pre-miRNA processing / miRNA binding / double-stranded RNA binding / nuclear speck / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
AtDRB-like, first double-stranded RNA binding domain, plant / AtDRB-like, second double-stranded RNA binding domain, plant / Double Stranded RNA Binding Domain - #20 / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Double Stranded RNA Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Double-stranded RNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法溶液NMR / rosetta full atom relaxation
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Rasia, R.M. / Mateos, J.L. / Bologna, N.G. / Burdisso, P. / Imbert, L. / Palatnik, J.F. / Boisbouvier, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structure and RNA Interactions of the Plant MicroRNA Processing-Associated Protein HYL1.
著者: Rasia, R.M. / Mateos, J. / Bologna, N.G. / Burdisso, P. / Imbert, L. / Palatnik, J.F. / Boisbouvier, J.
履歴
登録2010年8月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hyponastic leave 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4751
ポリマ－8,4751
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 1000target function
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Hyponastic leave 1


分子量: 8474.767 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 97-170 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g09700, F21M12.9 / プラスミド: pET-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O04492

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D HN(CO)CA
1613D HN(COCA)CB
1713D HN(CA)CO
1813D HNCO JCACO
1913D HNCO JNH
11013D HN(CO)CA JCAHA
11123D HNCO JCACO
11223D HNCO JNH
11323D HN(CO)CA JCAHA

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] hyl1-2, 10 mM DTT, 100 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] hyl1-2, 10 mM DTT, 100 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.05 % sodium azide, 5 % C12E5, 0.2 % Hexanol, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMhyl1-2-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 mMDTT-21
100 mMsodium phosphate-31
50 mMsodium chloride-41
0.05 %sodium azide-51
0.8 mMhyl1-2-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
10 mMDTT-72
100 mMsodium phosphate-82
50 mMsodium chloride-92
0.05 %sodium azide-102
5 %C12E5-112
0.2 %Hexanol-122
試料状態pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian DirectDrive / 製造業者: Varian / モデル: Direct Drive / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: rosetta full atom relaxation / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る