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- PDB-2l2l: Solution structure of the coiled-coil complex between MBD2 and p6... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l2l
タイトルSolution structure of the coiled-coil complex between MBD2 and p66alpha
要素
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
  • Transcriptional repressor p66-alpha
キーワードTRANSFERASE / DNA methylation / coiled-coil / NuRD / MBD2 / p66alpha
機能・相同性
機能・相同性情報


satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / regulation of cell fate specification / siRNA binding / maternal behavior / regulation of stem cell differentiation / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation ...satellite DNA binding / ventricular cardiac muscle tissue development / NuRD complex / regulation of cell fate specification / siRNA binding / maternal behavior / regulation of stem cell differentiation / C2H2 zinc finger domain binding / methyl-CpG binding / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / RNA Polymerase I Transcription Initiation / positive regulation of Wnt signaling pathway / embryonic organ development / response to mechanical stimulus / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / heterochromatin / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / RNA Polymerase I Promoter Opening / Regulation of PTEN gene transcription / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / response to nutrient levels / NoRC negatively regulates rRNA expression / Wnt signaling pathway / response to estradiol / regulation of cell population proliferation / protein-containing complex assembly / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / sequence-specific DNA binding / Potential therapeutics for SARS / nuclear speck / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1650 / Transcriptional repressor p66, coiled-coil MBD2-interaction domain / Transcriptional repressor p66 / Coiled-coil and interaction region of P66A and P66B with MBD2 / Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #1650 / Transcriptional repressor p66, coiled-coil MBD2-interaction domain / Transcriptional repressor p66 / Coiled-coil and interaction region of P66A and P66B with MBD2 / Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / GATA-type zinc finger domain. / GATA-type zinc finger domain profile. / GATA zinc finger / Zinc finger, GATA-type / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional repressor p66-alpha / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Williams Jr., D.C. / Scarsdale Jr., N.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: p66Alpha-MBD2 coiled-coil interaction and recruitment of Mi-2 are critical for globin gene silencing by the MBD2-NuRD complex.
著者: Gnanapragasam, M.N. / Scarsdale, J.N. / Amaya, M.L. / Webb, H.D. / Desai, M.A. / Walavalkar, N.M. / Wang, S.Z. / Zu Zhu, S. / Ginder, G.D. / Williams, D.C.
履歴
登録2010年8月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月24日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional repressor p66-alpha
B: Methyl-CpG-binding domain protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2982
ポリマ－9,2982
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Transcriptional repressor p66-alpha / Hp66alpha / GATA zinc finger domain-containing protein 2A


分子量: 5116.009 Da / 分子数: 1 / 断片: P66-ALPHA coiled-coil domain (unp residues 137-178) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GATAD2A / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86YP4
#2: タンパク質・ペプチド Methyl-CpG-binding domain protein 2 / Methyl-CpG-binding protein MBD2 / Demethylase / DMTase


分子量: 4181.787 Da / 分子数: 1 / 断片: MBD2 coiled-coil domain (unp residues 360-393) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MBD2 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9UBB5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HBHA(CO)NH
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D C(CO)NH
11012D 1H-15N HSQC
11123D HNCO
11223D HNCA
11323D HN(CA)CB
11423D HBHA(CO)NH
11523D HN(CO)CA
11623D (H)CCH-TOCSY
11723D 1H-15N NOESY
11823D 1H-13C NOESY
11923D CBCA(CO)NH
12023D C(CO)NH
12122D 1H-15N HSQC
12233D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p66-alpha, 1.0 mM MBD2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MBD2, 1.0 mM p66-alpha, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] p66-alpha, 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] MBD2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMp66-alpha-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.0 mMMBD2-21
1.0 mMMBD2-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
1.0 mMp66-alpha-42
1.0 mMp66-alpha-5[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]3
1.0 mMMBD2-6[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]3
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
PIPPGarrettデータ解析
PIPPGarrettchemical shift assignment
PIPPGarrettpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 677 / NOE intraresidue total count: 223 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 145 / NOE sequential total count: 203 / Protein chi angle constraints total count: 10 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 58 / Protein psi angle constraints total count: 58
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum torsion angle constraint violation: 3.6 ° / Maximum upper distance constraint violation: 0.39 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.017 Å / Distance rms dev error: 0.004 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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