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- PDB-2l23: NMR structure of the ACID (ACtivator Interacting Domain) of the h... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l23
タイトルNMR structure of the ACID (ACtivator Interacting Domain) of the human mediator Med25 protein
要素Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
キーワードTRANSCRIPTION / human mediator complex / Pancreatic tumor overexpressed domain
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mediator complex assembly / core mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / Generic Transcription Pathway / positive regulation of chromatin binding / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of fibroblast proliferation ...positive regulation of mediator complex assembly / core mediator complex / nuclear retinoic acid receptor binding / mediator complex / Generic Transcription Pathway / positive regulation of chromatin binding / RSV-host interactions / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / nuclear retinoid X receptor binding / negative regulation of fibroblast proliferation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / PPARA activates gene expression / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / transcription regulator complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Mediator complex subunit 25, ACID domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Mediator complex, subunit Med25, PTOV domain / Mediator complex, subunit Med25, synapsin 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25, PTOV domain superfamily / Mediator complex subunit 25 PTOV activation and synapsin 2 / Mediator complex subunit 25 synapsin 1 / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily ...Mediator complex subunit 25, ACID domain / Ku70; Chain: A; Domain 2 / Mediator complex, subunit Med25, PTOV domain / Mediator complex, subunit Med25, synapsin 1 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25, von Willebrand factor type A domain / Mediator complex subunit 25, PTOV domain superfamily / Mediator complex subunit 25 PTOV activation and synapsin 2 / Mediator complex subunit 25 synapsin 1 / Mediator complex subunit 25 von Willebrand factor type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Bontems, F. / Monte, D. / Dewitte, F. / Villeret, V.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: NMR structure of the human Mediator MED25 ACID domain.
著者: Bontems, F. / Verger, A. / Dewitte, F. / Lens, Z. / Baert, J.L. / Ferreira, E. / Launoit, Y. / Sizun, C. / Guittet, E. / Villeret, V. / Monte, D.
履歴
登録2010年8月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Structure summary
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl ...database_2 / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl.conditions_id / _pdbx_nmr_exptl.solution_id / _pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_exptl_sample.isotopic_labeling / _pdbx_nmr_representative.selection_criteria / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_software.version / _struct.pdbx_model_details / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2201
ポリマ－19,2201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 25 / Mediator complex subunit 25 / Activator-recruited cofactor 92 kDa component / ARC92 / Activator ...Mediator complex subunit 25 / Activator-recruited cofactor 92 kDa component / ARC92 / Activator interaction domain-containing protein 1 / p78


分子量: 19220.330 Da / 分子数: 1 / 断片: ACID domain, UNP residues 391-548 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACID1, ARC92, MED25, PTOV2, TCBAP0758 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q71SY5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D CBCA(CO)NH
1713D HNHA
1833D (H)CCH-TOCSY
1923D 1H-15N NOESY
11033D 1H- 13CALI NOESY
11133D 1H-13CARO NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.3-0.5 MM [U-98% 13C U-98% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 90% H2O/ 10% D2Osample_190% H2O/10% D2O
solution20.3-0.5 MM [U-100% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 90% H2O/10% D2Osample_290% H2O/10% D2O
solution30.3-0.5 MM [U-95% 13C] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 100% D2Osample_3100% D2O
solution40.2 MM [U-100% 15N] MED25, 10 MM SODIUM PHOSPHATE, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 5 MM DTT, 100% D2Osample_4100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMMed25[U-98% 13C; U-98% 15N]0.3-0.51
10 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
5 mMDTTnatural abundance1
mMMed25[U-100% 15N]0.3-0.52
10 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
5 mMDTTnatural abundance2
mMMed25[U-95% 13C]0.3-0.53
10 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
5 mMDTTnatural abundance3
0.2 mMMed25[U-100% 15N]4
10 mMsodium phosphatenatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
5 mMDTTnatural abundance4
試料状態イオン強度: 120 / pH: 6.75 / 圧: AMBIENT / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9501
Bruker AVANCE IIBrukerAVANCE II6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CcpNmr AnalysisCCPN Projectchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPN Projectpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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