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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2l0k | ||||||
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タイトル | NMR solution structure of a transcription factor SpoIIID in complex with DNA | ||||||
要素 | Stage III sporulation protein D | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / SpoIIID / NMR solution structure / DNA binding / Bacillus subtilis / Transcription factor | ||||||
機能・相同性 | Sporulation stage III, transcriptional regulator SpoIIID / Stage III sporulation protein D / Transcription regulator, HTH DeoR-type, conserved site / DeoR-type HTH domain signature. / sporulation resulting in formation of a cellular spore / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / Stage III sporulation protein D 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model details | fewest violations, model 1 | ||||||
データ登録者 | Chen, B. / Himes, P. / Lu, Z. / Liu, A. / Yan, H. / Kroos, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Novel Mode of DNA Binding by Bacterial Transcription Factor SpoIIID 著者: Chen, B. / Himes, P. / Liu, Y. / Zhang, Y. / Lu, Z. / Liu, A. / Yan, H. / Kroos, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2l0k.cif.gz | 689.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2l0k.ent.gz | 596.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2l0k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2l0k_validation.pdf.gz | 346.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2l0k_full_validation.pdf.gz | 456.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2l0k_validation.xml.gz | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2l0k_validation.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/2l0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/2l0k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10825.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: spoIIID, BSU36420 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15281 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: SpoIIID is evolutionarily conserved in endospore-forming bacteria and it activates or represses many genes during sporulation of Bacillus subtilis. A SpoIIID monomer binds DNA with high ...詳細: SpoIIID is evolutionarily conserved in endospore-forming bacteria and it activates or represses many genes during sporulation of Bacillus subtilis. A SpoIIID monomer binds DNA with high affinity and sequence specificity. SpoIIID has a helix-turn-helix domain with a novel C-terminal helical extension. The recognition helix of the helix-turn-helix domain interacts with the major groove of DNA and the C-terminal helical extension interacts with the adjacent minor groove of DNA. This novel and efficient mode of DNA binding might have evolved uniquely in endospore-forming bacteria to conserve biosynthetic capacity as resources dwindle during the starvation-induced sporulation process. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 10 mM potassium phosphate-1, 100 mM sodium chloride-2, 15 mM sodium azide-3, 0.05 mM DSS-4, 5.5 M [U-100% 2H] D2O-5, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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