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万見
- PDB-2l0k: NMR solution structure of a transcription factor SpoIIID in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l0k
タイトルNMR solution structure of a transcription factor SpoIIID in complex with DNA
要素Stage III sporulation protein D
キーワードTRANSCRIPTION / SpoIIID / NMR solution structure / DNA binding / Bacillus subtilis / Transcription factor
機能・相同性Sporulation stage III, transcriptional regulator SpoIIID / Stage III sporulation protein D / Transcription regulator, HTH DeoR-type, conserved site / DeoR-type HTH domain signature. / sporulation resulting in formation of a cellular spore / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / Stage III sporulation protein D
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Chen, B. / Himes, P. / Lu, Z. / Liu, A. / Yan, H. / Kroos, L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Novel Mode of DNA Binding by Bacterial Transcription Factor SpoIIID
著者: Chen, B. / Himes, P. / Liu, Y. / Zhang, Y. / Lu, Z. / Liu, A. / Yan, H. / Kroos, L.
履歴
登録2010年7月8日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stage III sporulation protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8261
ポリマ－10,8261
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Stage III sporulation protein D / 14 kDa transcription factor


分子量: 10825.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: spoIIID, BSU36420 / プラスミド: pET-21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15281

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: SpoIIID is evolutionarily conserved in endospore-forming bacteria and it activates or represses many genes during sporulation of Bacillus subtilis. A SpoIIID monomer binds DNA with high ...詳細: SpoIIID is evolutionarily conserved in endospore-forming bacteria and it activates or represses many genes during sporulation of Bacillus subtilis. A SpoIIID monomer binds DNA with high affinity and sequence specificity. SpoIIID has a helix-turn-helix domain with a novel C-terminal helical extension. The recognition helix of the helix-turn-helix domain interacts with the major groove of DNA and the C-terminal helical extension interacts with the adjacent minor groove of DNA. This novel and efficient mode of DNA binding might have evolved uniquely in endospore-forming bacteria to conserve biosynthetic capacity as resources dwindle during the starvation-induced sporulation process.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 10 mM potassium phosphate-1, 100 mM sodium chloride-2, 15 mM sodium azide-3, 0.05 mM DSS-4, 5.5 M [U-100% 2H] D2O-5, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMpotassium phosphate-11
100 mMsodium chloride-21
15 mMsodium azide-31
0.05 mMDSS-41
5.5 MD2O-5[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichcollection
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmchemical shift assignment
CYANA2.1Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmcollection
CYANA2.1Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmデータ解析
CYANA2.1Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmpeak picking
CYANA2.1Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm解析
CYANA2.1Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm精密化
CYANA2.1Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollm構造決定
CYANA2.1Accelrys Software Inc.chemical shift assignment
CYANA2.1Accelrys Software Inc.collection
CYANA2.1Accelrys Software Inc.データ解析
CYANA2.1Accelrys Software Inc.peak picking
CYANA2.1Accelrys Software Inc.解析
CYANA2.1Accelrys Software Inc.精密化
CYANA2.1Accelrys Software Inc.構造決定
CYANA2.1Koradi, Billeter and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA2.1Koradi, Billeter and Wuthrichcollection
CYANA2.1Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
CYANA2.1Koradi, Billeter and Wuthrichpeak picking
CYANA2.1Koradi, Billeter and Wuthrich解析
CYANA2.1Koradi, Billeter and Wuthrich精密化
CYANA2.1Koradi, Billeter and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxchemical shift assignment
CYANA2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxcollection
CYANA2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
CYANA2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
CYANA2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax精密化
CYANA2.1Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
CYANA2.1Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
CYANA2.1Johnson, One Moon Scientificcollection
CYANA2.1Johnson, One Moon Scientificデータ解析
CYANA2.1Johnson, One Moon Scientificpeak picking
CYANA2.1Johnson, One Moon Scientific解析
CYANA2.1Johnson, One Moon Scientific精密化
CYANA2.1Johnson, One Moon Scientific構造決定
CYANA2.1Laskowski and MacArthurchemical shift assignment
CYANA2.1Laskowski and MacArthurcollection
CYANA2.1Laskowski and MacArthurデータ解析
CYANA2.1Laskowski and MacArthurpeak picking
CYANA2.1Laskowski and MacArthur解析
CYANA2.1Laskowski and MacArthur精密化
CYANA2.1Laskowski and MacArthur構造決定
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxchemical shift assignment
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxcollection
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxpeak picking
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Bax解析
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Bax精密化
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CYANA2.1Bruker Biospinchemical shift assignment
CYANA2.1Bruker Biospincollection
CYANA2.1Bruker Biospinデータ解析
CYANA2.1Bruker Biospinpeak picking
CYANA2.1Bruker Biospin解析
CYANA2.1Bruker Biospin精密化
CYANA2.1Bruker Biospin構造決定
CYANA2.1Varianchemical shift assignment
CYANA2.1Variancollection
CYANA2.1Varianデータ解析
CYANA2.1Varianpeak picking
CYANA2.1Varian解析
CYANA2.1Varian精密化
CYANA2.1Varian構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2194 / NOE intraresidue total count: 628 / NOE long range total count: 312 / NOE medium range total count: 621 / NOE sequential total count: 633 / Protein phi angle constraints total count: 66 / Protein psi angle constraints total count: 66
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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