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万見
- PDB-2l0d: Solution NMR Structure of putative cell surface protein MA_4588 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l0d
タイトルSolution NMR Structure of putative cell surface protein MA_4588 (272-376 domain) from Methanosarcina acetivorans, Northeast Structural Genomics Consortium Target MvR254A
要素Cell surface protein
キーワードCELL ADHESION / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / PSI-2 / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide metabolic process / metallocarboxypeptidase activity / protein processing / calcium ion binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF2341 / Protein of unknown function DUF3344 / Domain of unknown function (DUF2341) / Protein of unknown function (DUF3344) / : / CARDB domain / CARDB / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / Bacterial Ig-like domain (group 2) ...Domain of unknown function DUF2341 / Protein of unknown function DUF3344 / Domain of unknown function (DUF2341) / Protein of unknown function (DUF3344) / : / CARDB domain / CARDB / PKD domain / Polycystic kidney disease (PKD) domain profile. / Bacterial Ig-like domain (group 2) / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / PKD domain / PKD domain superfamily / PKD/Chitinase domain / Repeats in polycystic kidney disease 1 (PKD1) and other proteins / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell surface protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina acetivorans (古細菌)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cort, J.R. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Ramelot, T.A. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of putative cell surface protein MA_4588 (272-376 domain) from Methanosarcina acetivorans, Northeast Structural Genomics Consortium Target MvR254A
著者: Cort, J. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell surface protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2991
ポリマ－12,2991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cell surface protein


分子量: 12299.312 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 272-376 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans (古細菌)
遺伝子: MA_4588 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q8THC9

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D CBCA(CO)NH
1513D HN(CA)CB
1613D 1H-13C arom NOESY
1713D 1H-13C aliph NOESY
1813D 1H-15N NOESY
1924D 1H-13C-13C-1H HMQC-NOESY-HMQC
11013D HBHA(CO)NH
11113D (H)CCH-TOCSY
11213D C(CO)NH
11332D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MvR254A, 100 mM NaCl, 20 mM MES, 5 mM CaCl2, 0.05 % NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] MvR254A, 100 mM NaCl, 20 mM MES, 5 mM CaCl2, 0.05 % NaN3, 100% D2O100% D2O
31.1 mM [5% biosynthetically-directed 13C; U-100% 15N] MvR254A, 100 mM NaCl, 20 mM MES, 5 mM CaCl2, 0.05 % NaN3, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMMvR254A-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
100 mMNaCl-21
20 mMMES-31
5 mMCaCl2-41
0.05 %NaN3-51
1.1 mMMvR254A-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
100 mMNaCl-72
20 mMMES-82
5 mMCaCl2-92
0.05 %NaN3-102
1.1 mMMvR254A-11[5% biosynthetically-directed 13C; U-100% 15N]3
100 mMNaCl-123
20 mMMES-133
5 mMCaCl2-143
0.05 %NaN3-153
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
XEASYBartels et al.peak picking
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
SparkyGoddardデータ解析
TALOS+Shen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PALESPALES (Zweckstetter, Bax)geometry optimization
REDCATValafar, Prestegardgeometry optimization
AutoStructure2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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