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- PDB-2kzv: Solution NMR structure of CV_0373(175-257) protein from Chromobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kzv
タイトルSolution NMR structure of CV_0373(175-257) protein from Chromobacterium violaceum, Northeast Structural Genomics Consortium Target CvR118A
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA nuclease activity
類似検索 - 分子機能
NYN domain, MARF1-type / NYN domain / LOTUS domain-like / OST-HTH/LOTUS domain / LOTUS-like domain / OST-HTH/LOTUS domain / OST-type HTH domain profile. / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HTH OST-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium violaceum (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of CV_0373(175-257) protein from Chromobacterium violaceum, Northeast Structural Genomics Consortium Target CvR118A.
著者: Yang, Y. / Ramelot, T.A. / Wang, D. / Ciccosanti, C. / Mao, L. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2010年6月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6031
ポリマ－10,6031
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 10602.881 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 175-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium violaceum (バクテリア)
遺伝子: CV_0373 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pMGK / 参照: UniProt: Q7P141

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC CT
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D CBCA(CO)NH
1913D HN(CO)CA
11013D HBHA(CO)NH
11113D H(CCO)NH
11213D C(CO)NH
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D (H)CCH-COSY
11533D (H)CCH-TOCSY
11634D CC NOESY
11712D 1H-15N HSQC swN150ppm

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CV_0373(175-257) protein from Chromobacterium violaceum, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.82 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] CV_0373(175-257) protein from Chromobacterium violaceum, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CV_0373(175-257) protein from Chromobacterium violaceum, 20 mM ammonium acetate, 100 mM sodium chloride, 5 mM calcium chloride, 10 mM DTT, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMCV_0373(175-257) protein from Chromobacterium violaceum-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMammonium acetate-21
100 mMsodium chloride-31
5 mMcalcium chloride-41
10 mMDTT-51
0.02 %sodium azide-61
0.82 mMCV_0373(175-257) protein from Chromobacterium violaceum-7[U-5% 13C; U-100% 15N]2
20 mMammonium acetate-82
100 mMsodium chloride-92
5 mMcalcium chloride-102
10 mMDTT-112
0.02 %sodium azide-122
0.9 mMCV_0373(175-257) protein from Chromobacterium violaceum-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMammonium acetate-143
100 mMsodium chloride-153
5 mMcalcium chloride-163
10 mMDTT-173
0.02 %sodium azide-183
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceIIIBrukerAVANCE III8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.4Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
X-PLOR NIH2.2Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVS1.4Bhattacharya and Montelione精密化
AutoAssign2.3Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
PdbStat5.1(PdbStat)-Roberto Tejero and Gaetano T. Montelione構造決定
PINE Server1Bahrami, A., Assadi, A., Markley, J. L. & Eghbalnia, H.autoassignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-nih with HBDB
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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