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万見
- PDB-2kz1: Inter-molecular interactions in a 44 kDa interferon-receptor comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kz1
タイトルInter-molecular interactions in a 44 kDa interferon-receptor complex detected by asymmetric back-protonation and 2D NOESY
要素
  • Interferon alpha-2
  • Soluble IFN alpha/beta receptor
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / INTERFERON / RECEPTOR / DOCKING / COMPLEX / ANTIVIRAL DEFENSE / CYTOKINE / DISULFIDE BOND / GLYCOPROTEIN / SECRETED
機能・相同性
機能・相同性情報


type I interferon receptor activity / type I interferon binding / interleukin-22 receptor activity / type I interferon receptor binding / JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of interleukin-5 production / response to interferon-beta / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response ...type I interferon receptor activity / type I interferon binding / interleukin-22 receptor activity / type I interferon receptor binding / JAK pathway signal transduction adaptor activity / negative regulation of interleukin-5 production / response to interferon-beta / negative regulation of interleukin-13 production / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / response to interferon-alpha / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / negative regulation of viral entry into host cell / TRAF6 mediated IRF7 activation / type I interferon-mediated signaling pathway / B cell proliferation / response to exogenous dsRNA / cytokine binding / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / humoral immune response / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cellular response to interferon-beta / B cell differentiation / cytokine activity / response to virus / cellular response to virus / Evasion by RSV of host interferon responses / cytokine-mediated signaling pathway / Interferon alpha/beta signaling / cell-cell signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / defense response to virus / collagen-containing extracellular matrix / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core ...Interferon alpha, beta and delta family signature. / Interferon alpha, beta and delta. / Interferon alpha/beta/delta / Interferon alpha/beta domain / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon alpha-2 / Interferon alpha/beta receptor 2 / Interferon alpha/beta receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsclosest to the average, model 4
データ登録者Nudelman, I. / Akabayov, S.R. / Schnur, E. / Biron, Z. / Levy, R. / Xu, Y. / Yang, D. / Anglister, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Intermolecular interactions in a 44 kDa interferon-receptor complex detected by asymmetric reverse-protonation and two-dimensional NOESY
著者: Nudelman, I. / Akabayov, S.R. / Schnur, E. / Biron, Z. / Levy, R. / Xu, Y. / Yang, D. / Anglister, J.
履歴
登録2010年6月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
置き換え2010年6月23日ID: 2KSX
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年8月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_exptl ...database_2 / pdbx_nmr_exptl / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_exptl.conditions_id / _pdbx_nmr_exptl.solution_id / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_sample_details.label / _pdbx_nmr_sample_details.solvent_system / _pdbx_nmr_sample_details.type / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon alpha-2
B: Soluble IFN alpha/beta receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5882
ポリマ－43,5882
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Interferon alpha-2 / IFN-alpha-2 / Interferon alpha-A / LeIF A


分子量: 19264.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNA2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: P01563
#2: タンパク質 Soluble IFN alpha/beta receptor


分子量: 24323.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IFNABR / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q15467, UniProt: P48551*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: docking model of IFNAR2-EC/IFNalpha2 complex
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
1222D 1H-1H NOESY
1332D 1H-1H NOESY
1443D 15N NOESY
1553D 15N NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.25 mM [U-99% 2H] Interferon alpha, 0.25 mM [U-99% 2H] Soluble IFN alpha/beta receptor, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2Osample_1100% D2O
solution20.25 MM [U-99% 2H, 1H-K,R,L,A,M] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [U-99% 2H, 1H-H,F,W] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2Osample_2100% D2O
solution30.25 MM [U-99% 2H, 1H-L] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [U-99% 2H, 1H-H,W] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 100% D2Osample_3100% D2O
solution40.25 MM [15N] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [1H] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2Osample_495% H2O/5% D2O
solution50.25 MM [1H] INTERFERON ALPHA2, 0.25 MM [15N] SOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR, 25 mM [U-2H] TRIS, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2Osample_595% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.25 mMINTERFERON ALPHA-2[U-2H]1
0.25 mMSOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR[U-2H]1
25 mMTRIS[U-2H]1
0.02 %sodium azidenatural abundance1
0.25 mMINTERFERON ALPHA-2[U-99% 2H, 1H-K,R,L,A,M]2
0.25 mMSOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR[U-99% 2H, 1H-H,F,W]2
25 mMTRIS[U-2H]2
0.02 %sodium azidenatural abundance2
0.25 mMINTERFERON ALPHA-2[U-99% 2H, 1H-L]3
0.25 mMSOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR[U-99% 2H, 1H-H,W]3
25 mMTRIS[U-2H]3
0.02 %sodium azidenatural abundance3
0.25 mMINTERFERON ALPHA-2[15N]4
0.25 mMSOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR[1H]4
25 mMTRIS[U-2H]4
0.02 %sodium azidenatural abundance4
0.25 mMINTERFERON ALPHA-2[1H]5
0.25 mMSOLUBLE IFN ALPHA/BETA RECEPTOR[15N]5
25 mMTRIS[U-2H]5
0.02 %sodium azidenatural abundance5
試料状態イオン強度: 25 / pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
HADDOCK2Dominguez et al.精密化
XwinNMR3Bruker Biospincollection
NMRView5.2.2Johnson, One Moon Scientificデータ解析
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 2
詳細: 1000 CONFORMERS WERE OBTAINED IN THE RIGID BODY DOCKING AND 200 BEST CONFORMERS WERE SELECTED FOR SEMI-FLEXIBLE SIMULATED ANNEALING FOLLOWED BY REFINEMENT IN WATER
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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